Libraries

library("mitch")
library("Seurat")
library("dplyr")
library("cowplot")
library("ggplot2")
library("SeuratWrappers")
library("future")
plan("multiprocess", workers = 8)
options(future.globals.maxSize = 1000 * 1024^5)

Data prep

dipg <- readRDS('./downsampled_Seu_obj.rds')

markers_0 <- FindMarkers(dipg, ident.1 = 0, min.pct = 0.25)
markers_1 <- FindMarkers(dipg, ident.1 = 1, min.pct = 0.25)
markers_2 <- FindMarkers(dipg, ident.1 = 2, min.pct = 0.25)
markers_3 <- FindMarkers(dipg, ident.1 = 3, min.pct = 0.25)
markers_4 <- FindMarkers(dipg, ident.1 = 4, min.pct = 0.25)

Mitch import

x <- list('clus_0'=markers_0,'clus_1'=markers_1,'clus_2'=markers_2,'clus_3'=markers_3,
         'clus_4'=markers_4)

y <- mitch_import(x, DEtype="Seurat")
## Note: Mean no. genes in input = 577.8
## Note: no. genes in output = 1528
## Note: estimated proportion of input genes in output = 2.64

Get gene sets

download.file("https://reactome.org/download/current/ReactomePathways.gmt.zip", 
destfile="ReactomePathways.gmt.zip")
unzip("ReactomePathways.gmt.zip")
genesets <- gmt_import("ReactomePathways.gmt")

Mitch analysis

res <- mitch_calc(y, genesets, priority="significance", cores = 4)
## Warning in mitch_rank(input_profile): Warning: >60% of genes have the same score. This isn't
##             optimal for rank based enrichment analysis.

## Warning in mitch_rank(input_profile): Warning: >60% of genes have the same score. This isn't
##             optimal for rank based enrichment analysis.

## Warning in mitch_rank(input_profile): Warning: >60% of genes have the same score. This isn't
##             optimal for rank based enrichment analysis.
## 
  |                                                                         |   0%, ETA NA
  |                                                                      |   0%, ETA 01:05
  |                                                                      |   0%, ETA 00:34
  |                                                                      |   0%, ETA 00:22
  |                                                                      |   0%, ETA 00:17
  |                                                                      |   0%, ETA 00:13
  |                                                                      |   0%, ETA 00:18
  |                                                                      |   0%, ETA 00:17
  |                                                                      |   0%, ETA 00:14
  |                                                                      |   0%, ETA 00:10
  |                                                                      |   1%, ETA 00:09
  |                                                                      |   1%, ETA 00:08
  |=                                                                     |   1%, ETA 00:07
  |=                                                                     |   1%, ETA 00:07
  |=                                                                     |   1%, ETA 00:06
  |=                                                                     |   1%, ETA 00:06
  |=                                                                     |   1%, ETA 00:05
  |=                                                                     |   1%, ETA 00:05
  |=                                                                     |   1%, ETA 00:05
  |=                                                                     |   1%, ETA 00:05
  |=                                                                     |   1%, ETA 00:04
  |=                                                                     |   1%, ETA 00:04
  |=                                                                     |   1%, ETA 00:04
  |=                                                                     |   1%, ETA 00:04
  |=                                                                     |   2%, ETA 00:04
  |=                                                                     |   2%, ETA 00:04
  |=                                                                     |   2%, ETA 00:04
  |=                                                                     |   2%, ETA 00:04
  |=                                                                     |   2%, ETA 00:04
  |=                                                                     |   2%, ETA 00:04
  |=                                                                     |   2%, ETA 00:04
  |=                                                                     |   2%, ETA 00:03
  |==                                                                    |   2%, ETA 00:03
  |==                                                                    |   2%, ETA 00:03
  |==                                                                    |   2%, ETA 00:03
  |==                                                                    |   3%, ETA 00:03
  |==                                                                    |   3%, ETA 00:03
  |==                                                                    |   3%, ETA 00:03
  |==                                                                    |   3%, ETA 00:03
  |==                                                                    |   3%, ETA 00:03
  |==                                                                    |   3%, ETA 00:03
  |==                                                                    |   3%, ETA 00:02
  |==                                                                    |   3%, ETA 00:02
  |==                                                                    |   3%, ETA 00:02
  |==                                                                    |   3%, ETA 00:02
  |==                                                                    |   3%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   4%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   4%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   4%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   4%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   4%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   4%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   4%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   4%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   4%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   4%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   5%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   5%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   5%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   5%, ETA 00:02
  |===                                                                   |   5%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   5%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   5%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   5%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   5%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   5%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   5%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   6%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   6%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   6%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   6%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   6%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   6%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   6%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   6%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   6%, ETA 00:02
  |====                                                                  |   6%, ETA 00:01
  |====                                                                  |   6%, ETA 00:01
  |====                                                                  |   6%, ETA 00:01
  |====                                                                  |   6%, ETA 00:01
  |====                                                                  |   6%, ETA 00:01
  |=====                                                                 |   6%, ETA 00:01
  |=====                                                                 |   6%, ETA 00:01
  |=====                                                                 |   7%, ETA 00:01
  |=====                                                                 |   7%, ETA 00:01
  |=====                                                                 |   7%, ETA 00:01
  |=====                                                                 |   7%, ETA 00:01
  |=====                                                                 |   7%, ETA 00:01
  |=====                                                                 |   7%, ETA 00:01
  |=====                                                                 |   7%, ETA 00:01
  |=====                                                                 |   7%, ETA 00:01
  |=====                                                                 |   7%, ETA 00:01
  |=====                                                                 |   8%, ETA 00:01
  |=====                                                                 |   8%, ETA 00:01
  |=====                                                                 |   8%, ETA 00:01
  |======                                                                |   8%, ETA 00:01
  |======                                                                |   8%, ETA 00:01
  |======                                                                |   8%, ETA 00:01
  |======                                                                |   8%, ETA 00:01
  |======                                                                |   8%, ETA 00:01
  |======                                                                |   8%, ETA 00:01
  |======                                                                |   8%, ETA 00:01
  |======                                                                |   9%, ETA 00:01
  |======                                                                |   9%, ETA 00:01
  |======                                                                |   9%, ETA 00:01
  |======                                                                |   9%, ETA 00:01
  |======                                                                |   9%, ETA 00:01
  |======                                                                |   9%, ETA 00:01
  |======                                                                |   9%, ETA 00:01
  |======                                                                |   9%, ETA 00:01
  |======                                                                |   9%, ETA 00:01
  |=======                                                               |   9%, ETA 00:01
  |=======                                                               |   9%, ETA 00:01
  |=======                                                               |   9%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  10%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  10%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  10%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  10%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  10%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  10%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  10%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  10%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  10%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  10%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  10%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  10%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  10%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  10%, ETA 00:01
  |=======                                                               |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  11%, ETA 00:01
  |========                                                              |  12%, ETA 00:01
  |========                                                              |  12%, ETA 00:01
  |========                                                              |  12%, ETA 00:01
  |========                                                              |  12%, ETA 00:01
  |========                                                              |  12%, ETA 00:01
  |========                                                              |  12%, ETA 00:01
  |========                                                              |  12%, ETA 00:01
  |========                                                              |  12%, ETA 00:01
  |========                                                              |  12%, ETA 00:01
  |========                                                              |  12%, ETA 00:01
  |========                                                              |  12%, ETA 00:01
  |========                                                              |  12%, ETA 00:01
  |========                                                              |  12%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  12%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  12%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  12%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  12%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  12%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  13%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  13%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  13%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  13%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  13%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  13%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  13%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  13%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  13%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  13%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  13%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  13%, ETA 00:01
  |=========                                                             |  14%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  14%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  14%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  14%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  14%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  14%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  14%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  14%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  14%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  14%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  14%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  14%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  15%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  15%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  15%, ETA 00:01
  |==========                                                            |  15%, ETA 00:01
  |===========                                                           |  15%, ETA 00:01
  |===========                                                           |  15%, ETA 00:01
  |===========                                                           |  15%, ETA 00:01
  |===========                                                           |  15%, ETA 00:01
  |===========                                                           |  15%, ETA 00:01
  |===========                                                           |  15%, ETA 00:01
  |===========                                                           |  16%, ETA 00:01
  |===========                                                           |  16%, ETA 00:01
  |===========                                                           |  16%, ETA 00:01
  |===========                                                           |  16%, ETA 00:01
  |===========                                                           |  16%, ETA 00:01
  |===========                                                           |  16%, ETA 00:01
  |===========                                                           |  16%, ETA 00:01
  |============                                                          |  17%, ETA 00:01
  |============                                                          |  17%, ETA 00:01
  |============                                                          |  17%, ETA 00:01
  |============                                                          |  17%, ETA 00:01
  |============                                                          |  17%, ETA 00:01
  |============                                                          |  17%, ETA 00:01
  |============                                                          |  17%, ETA 00:01
  |============                                                          |  17%, ETA 00:01
  |============                                                          |  17%, ETA 00:01
  |============                                                          |  17%, ETA 00:01
  |============                                                          |  18%, ETA 00:01
  |============                                                          |  18%, ETA 00:01
  |============                                                          |  18%, ETA 00:01
  |=============                                                         |  18%, ETA 00:01
  |=============                                                         |  18%, ETA 00:01
  |=============                                                         |  18%, ETA 00:01
  |=============                                                         |  18%, ETA 00:01
  |=============                                                         |  18%, ETA 00:01
  |=============                                                         |  19%, ETA 00:01
  |=============                                                         |  19%, ETA 00:01
  |=============                                                         |  19%, ETA 00:01
  |=============                                                         |  19%, ETA 00:01
  |=============                                                         |  19%, ETA 00:01
  |=============                                                         |  19%, ETA 00:01
  |=============                                                         |  19%, ETA 00:01
  |=============                                                         |  19%, ETA 00:01
  |=============                                                         |  19%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  19%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  19%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  20%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  20%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  20%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  20%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  20%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  20%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  20%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  20%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  20%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  20%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  20%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  20%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  21%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  21%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  21%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  21%, ETA 00:01
  |==============                                                        |  21%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  21%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  21%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  21%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  21%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  21%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  21%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  21%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  21%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  21%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  22%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  22%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  22%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  22%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  22%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  22%, ETA 00:01
  |===============                                                       |  22%, ETA 00:01
  |================                                                      |  22%, ETA 00:01
  |================                                                      |  22%, ETA 00:01
  |================                                                      |  22%, ETA 00:01
  |================                                                      |  23%, ETA 00:01
  |================                                                      |  23%, ETA 00:01
  |================                                                      |  23%, ETA 00:01
  |================                                                      |  23%, ETA 00:01
  |================                                                      |  23%, ETA 00:01
  |================                                                      |  23%, ETA 00:01
  |=================                                                     |  24%, ETA 00:01
  |=================                                                     |  24%, ETA 00:01
  |=================                                                     |  24%, ETA 00:01
  |=================                                                     |  24%, ETA 00:01
  |=================                                                     |  24%, ETA 00:01
  |=================                                                     |  24%, ETA 00:01
  |=================                                                     |  24%, ETA 00:01
  |=================                                                     |  25%, ETA 00:01
  |=================                                                     |  25%, ETA 00:01
  |=================                                                     |  25%, ETA 00:01
  |=================                                                     |  25%, ETA 00:01
  |=================                                                     |  25%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  25%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  25%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  25%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  25%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  25%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  25%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  25%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |==================                                                    |  26%, ETA 00:01
  |===================                                                   |  26%, ETA 00:01
  |===================                                                   |  27%, ETA 00:01
  |===================                                                   |  27%, ETA 00:01
  |===================                                                   |  27%, ETA 00:01
  |===================                                                   |  27%, ETA 00:01
  |===================                                                   |  27%, ETA 00:01
  |===================                                                   |  27%, ETA 00:01
  |===================                                                   |  27%, ETA 00:01
  |===================                                                   |  27%, ETA 00:01
  |===================                                                   |  27%, ETA 00:01
  |===================                                                   |  27%, ETA 00:00
  |===================                                                   |  28%, ETA 00:00
  |===================                                                   |  28%, ETA 00:00
  |===================                                                   |  28%, ETA 00:00
  |===================                                                   |  28%, ETA 00:00
  |===================                                                   |  28%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  28%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  28%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  28%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  28%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  28%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  28%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  28%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  28%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  28%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  29%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  29%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  29%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  29%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  29%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  29%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  29%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  29%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  29%, ETA 00:00
  |====================                                                  |  29%, ETA 00:00
  |=====================                                                 |  29%, ETA 00:00
  |=====================                                                 |  29%, ETA 00:00
  |=====================                                                 |  30%, ETA 00:00
  |=====================                                                 |  30%, ETA 00:00
  |=====================                                                 |  30%, ETA 00:00
  |=====================                                                 |  30%, ETA 00:00
  |=====================                                                 |  30%, ETA 00:00
  |=====================                                                 |  30%, ETA 00:00
  |=====================                                                 |  30%, ETA 00:00
  |=====================                                                 |  30%, ETA 00:00
  |=====================                                                 |  30%, ETA 00:00
  |=====================                                                 |  30%, ETA 00:00
  |=====================                                                 |  31%, ETA 00:00
  |======================                                                |  31%, ETA 00:00
  |======================                                                |  31%, ETA 00:00
  |======================                                                |  31%, ETA 00:00
  |======================                                                |  31%, ETA 00:00
  |======================                                                |  31%, ETA 00:00
  |======================                                                |  31%, ETA 00:00
  |======================                                                |  31%, ETA 00:00
  |======================                                                |  32%, ETA 00:00
  |======================                                                |  32%, ETA 00:00
  |======================                                                |  32%, ETA 00:00
  |======================                                                |  32%, ETA 00:00
  |======================                                                |  32%, ETA 00:00
  |======================                                                |  32%, ETA 00:00
  |======================                                                |  32%, ETA 00:00
  |======================                                                |  32%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  32%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  32%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  32%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  32%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  33%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  33%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  33%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  33%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  33%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  33%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  33%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  33%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  33%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  33%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  33%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  33%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  33%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  33%, ETA 00:00
  |=======================                                               |  34%, ETA 00:00
  |========================                                              |  34%, ETA 00:00
  |========================                                              |  34%, ETA 00:00
  |========================                                              |  34%, ETA 00:00
  |========================                                              |  34%, ETA 00:00
  |========================                                              |  34%, ETA 00:00
  |========================                                              |  34%, ETA 00:00
  |========================                                              |  34%, ETA 00:00
  |========================                                              |  34%, ETA 00:00
  |========================                                              |  34%, ETA 00:00
  |========================                                              |  35%, ETA 00:00
  |========================                                              |  35%, ETA 00:00
  |========================                                              |  35%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  35%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  35%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  35%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  35%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  36%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  36%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  36%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  36%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  36%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  36%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  36%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  36%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  36%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  36%, ETA 00:00
  |=========================                                             |  36%, ETA 00:00
  |==========================                                            |  37%, ETA 00:00
  |==========================                                            |  37%, ETA 00:00
  |==========================                                            |  37%, ETA 00:00
  |==========================                                            |  37%, ETA 00:00
  |==========================                                            |  37%, ETA 00:00
  |==========================                                            |  37%, ETA 00:00
  |==========================                                            |  37%, ETA 00:00
  |==========================                                            |  37%, ETA 00:00
  |==========================                                            |  38%, ETA 00:00
  |==========================                                            |  38%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  38%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  38%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  38%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  38%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  38%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  38%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  39%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  39%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  39%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  39%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  39%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  39%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  39%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  39%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  39%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  39%, ETA 00:00
  |===========================                                           |  39%, ETA 00:00
  |============================                                          |  39%, ETA 00:00
  |============================                                          |  39%, ETA 00:00
  |============================                                          |  40%, ETA 00:00
  |============================                                          |  40%, ETA 00:00
  |============================                                          |  40%, ETA 00:00
  |============================                                          |  40%, ETA 00:00
  |============================                                          |  40%, ETA 00:00
  |============================                                          |  40%, ETA 00:00
  |============================                                          |  40%, ETA 00:00
  |============================                                          |  40%, ETA 00:00
  |============================                                          |  40%, ETA 00:00
  |============================                                          |  40%, ETA 00:00
  |============================                                          |  40%, ETA 00:00
  |============================                                          |  40%, ETA 00:00
  |============================                                          |  40%, ETA 00:00
  |============================                                          |  41%, ETA 00:00
  |============================                                          |  41%, ETA 00:00
  |============================                                          |  41%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  41%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  41%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  41%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  41%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  41%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  41%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  41%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  41%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  42%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  42%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  42%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  42%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  42%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  42%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  42%, ETA 00:00
  |=============================                                         |  42%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  42%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  42%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  42%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  42%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  42%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  42%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  42%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  43%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  43%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  43%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  43%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  43%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  43%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  43%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  43%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  43%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  43%, ETA 00:00
  |==============================                                        |  44%, ETA 00:00
  |===============================                                       |  44%, ETA 00:00
  |===============================                                       |  44%, ETA 00:00
  |===============================                                       |  44%, ETA 00:00
  |===============================                                       |  44%, ETA 00:00
  |===============================                                       |  44%, ETA 00:00
  |===============================                                       |  44%, ETA 00:00
  |===============================                                       |  44%, ETA 00:00
  |===============================                                       |  45%, ETA 00:00
  |===============================                                       |  45%, ETA 00:00
  |===============================                                       |  45%, ETA 00:00
  |===============================                                       |  45%, ETA 00:00
  |================================                                      |  45%, ETA 00:00
  |================================                                      |  45%, ETA 00:00
  |================================                                      |  45%, ETA 00:00
  |================================                                      |  45%, ETA 00:00
  |================================                                      |  45%, ETA 00:00
  |================================                                      |  45%, ETA 00:00
  |================================                                      |  46%, ETA 00:00
  |================================                                      |  46%, ETA 00:00
  |================================                                      |  46%, ETA 00:00
  |================================                                      |  46%, ETA 00:00
  |================================                                      |  46%, ETA 00:00
  |================================                                      |  46%, ETA 00:00
  |================================                                      |  46%, ETA 00:00
  |=================================                                     |  46%, ETA 00:00
  |=================================                                     |  47%, ETA 00:00
  |=================================                                     |  47%, ETA 00:00
  |=================================                                     |  47%, ETA 00:00
  |=================================                                     |  47%, ETA 00:00
  |=================================                                     |  47%, ETA 00:00
  |=================================                                     |  47%, ETA 00:00
  |=================================                                     |  47%, ETA 00:00
  |=================================                                     |  47%, ETA 00:00
  |=================================                                     |  47%, ETA 00:00
  |=================================                                     |  48%, ETA 00:00
  |=================================                                     |  48%, ETA 00:00
  |=================================                                     |  48%, ETA 00:00
  |=================================                                     |  48%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  48%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  48%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  48%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  48%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  48%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  48%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  48%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  48%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  48%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  49%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  49%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  49%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  49%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  49%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  49%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  49%, ETA 00:00
  |==================================                                    |  49%, ETA 00:00
  |===================================                                   |  49%, ETA 00:00
  |===================================                                   |  49%, ETA 00:00
  |===================================                                   |  49%, ETA 00:00
  |===================================                                   |  50%, ETA 00:00
  |===================================                                   |  50%, ETA 00:00
  |===================================                                   |  50%, ETA 00:00
  |===================================                                   |  50%, ETA 00:00
  |===================================                                   |  50%, ETA 00:00
  |===================================                                   |  50%, ETA 00:00
  |===================================                                   |  50%, ETA 00:00
  |===================================                                   |  50%, ETA 00:00
  |===================================                                   |  51%, ETA 00:00
  |===================================                                   |  51%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  51%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  51%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  51%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  51%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  51%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  51%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  51%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  52%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  52%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  52%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  52%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  52%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  52%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  52%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  52%, ETA 00:00
  |====================================                                  |  52%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  52%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  52%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  52%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  52%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  52%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  53%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  53%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  53%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  53%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  53%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  53%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  53%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  53%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  53%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  53%, ETA 00:00
  |=====================================                                 |  53%, ETA 00:00
  |======================================                                |  54%, ETA 00:00
  |======================================                                |  54%, ETA 00:00
  |======================================                                |  54%, ETA 00:00
  |======================================                                |  54%, ETA 00:00
  |======================================                                |  54%, ETA 00:00
  |======================================                                |  54%, ETA 00:00
  |======================================                                |  54%, ETA 00:00
  |======================================                                |  54%, ETA 00:00
  |======================================                                |  54%, ETA 00:00
  |======================================                                |  54%, ETA 00:00
  |======================================                                |  55%, ETA 00:00
  |======================================                                |  55%, ETA 00:00
  |======================================                                |  55%, ETA 00:00
  |======================================                                |  55%, ETA 00:00
  |======================================                                |  55%, ETA 00:00
  |======================================                                |  55%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  55%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  55%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  55%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  55%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  56%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  56%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  56%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  56%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  56%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  56%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  56%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  56%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  56%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  56%, ETA 00:00
  |=======================================                               |  56%, ETA 00:00
  |========================================                              |  56%, ETA 00:00
  |========================================                              |  57%, ETA 00:00
  |========================================                              |  57%, ETA 00:00
  |========================================                              |  57%, ETA 00:00
  |========================================                              |  57%, ETA 00:00
  |========================================                              |  57%, ETA 00:00
  |========================================                              |  57%, ETA 00:00
  |========================================                              |  58%, ETA 00:00
  |========================================                              |  58%, ETA 00:00
  |========================================                              |  58%, ETA 00:00
  |========================================                              |  58%, ETA 00:00
  |========================================                              |  58%, ETA 00:00
  |========================================                              |  58%, ETA 00:00
  |=========================================                             |  58%, ETA 00:00
  |=========================================                             |  58%, ETA 00:00
  |=========================================                             |  58%, ETA 00:00
  |=========================================                             |  58%, ETA 00:00
  |=========================================                             |  58%, ETA 00:00
  |=========================================                             |  58%, ETA 00:00
  |=========================================                             |  58%, ETA 00:00
  |=========================================                             |  59%, ETA 00:00
  |=========================================                             |  59%, ETA 00:00
  |=========================================                             |  59%, ETA 00:00
  |=========================================                             |  59%, ETA 00:00
  |=========================================                             |  59%, ETA 00:00
  |=========================================                             |  59%, ETA 00:00
  |=========================================                             |  59%, ETA 00:00
  |==========================================                            |  59%, ETA 00:00
  |==========================================                            |  59%, ETA 00:00
  |==========================================                            |  59%, ETA 00:00
  |==========================================                            |  60%, ETA 00:00
  |==========================================                            |  60%, ETA 00:00
  |==========================================                            |  60%, ETA 00:00
  |==========================================                            |  60%, ETA 00:00
  |==========================================                            |  60%, ETA 00:00
  |==========================================                            |  60%, ETA 00:00
  |==========================================                            |  60%, ETA 00:00
  |==========================================                            |  61%, ETA 00:00
  |===========================================                           |  61%, ETA 00:00
  |===========================================                           |  61%, ETA 00:00
  |===========================================                           |  61%, ETA 00:00
  |===========================================                           |  61%, ETA 00:00
  |===========================================                           |  61%, ETA 00:00
  |===========================================                           |  61%, ETA 00:00
  |===========================================                           |  62%, ETA 00:00
  |===========================================                           |  62%, ETA 00:00
  |===========================================                           |  62%, ETA 00:00
  |===========================================                           |  62%, ETA 00:00
  |===========================================                           |  62%, ETA 00:00
  |===========================================                           |  62%, ETA 00:00
  |===========================================                           |  62%, ETA 00:00
  |============================================                          |  62%, ETA 00:00
  |============================================                          |  62%, ETA 00:00
  |============================================                          |  62%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |============================================                          |  63%, ETA 00:00
  |=============================================                         |  64%, ETA 00:00
  |=============================================                         |  64%, ETA 00:00
  |=============================================                         |  64%, ETA 00:00
  |=============================================                         |  64%, ETA 00:00
  |=============================================                         |  64%, ETA 00:00
  |=============================================                         |  64%, ETA 00:00
  |=============================================                         |  64%, ETA 00:00
  |=============================================                         |  64%, ETA 00:00
  |=============================================                         |  65%, ETA 00:00
  |=============================================                         |  65%, ETA 00:00
  |=============================================                         |  65%, ETA 00:00
  |=============================================                         |  65%, ETA 00:00
  |=============================================                         |  65%, ETA 00:00
  |=============================================                         |  65%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  65%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  65%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  65%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  65%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  65%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  65%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  65%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  66%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  66%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  66%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  66%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  66%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  66%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  66%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  66%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  66%, ETA 00:00
  |==============================================                        |  66%, ETA 00:00
  |===============================================                       |  66%, ETA 00:00
  |===============================================                       |  67%, ETA 00:00
  |===============================================                       |  67%, ETA 00:00
  |===============================================                       |  67%, ETA 00:00
  |===============================================                       |  67%, ETA 00:00
  |===============================================                       |  67%, ETA 00:00
  |===============================================                       |  67%, ETA 00:00
  |===============================================                       |  67%, ETA 00:00
  |===============================================                       |  67%, ETA 00:00
  |===============================================                       |  67%, ETA 00:00
  |===============================================                       |  67%, ETA 00:00
  |===============================================                       |  67%, ETA 00:00
  |===============================================                       |  68%, ETA 00:00
  |===============================================                       |  68%, ETA 00:00
  |================================================                      |  68%, ETA 00:00
  |================================================                      |  68%, ETA 00:00
  |================================================                      |  68%, ETA 00:00
  |================================================                      |  68%, ETA 00:00
  |================================================                      |  68%, ETA 00:00
  |================================================                      |  69%, ETA 00:00
  |================================================                      |  69%, ETA 00:00
  |================================================                      |  69%, ETA 00:00
  |================================================                      |  69%, ETA 00:00
  |================================================                      |  69%, ETA 00:00
  |================================================                      |  69%, ETA 00:00
  |================================================                      |  69%, ETA 00:00
  |=================================================                     |  69%, ETA 00:00
  |=================================================                     |  69%, ETA 00:00
  |=================================================                     |  69%, ETA 00:00
  |=================================================                     |  70%, ETA 00:00
  |=================================================                     |  70%, ETA 00:00
  |=================================================                     |  70%, ETA 00:00
  |=================================================                     |  70%, ETA 00:00
  |=================================================                     |  70%, ETA 00:00
  |=================================================                     |  70%, ETA 00:00
  |=================================================                     |  70%, ETA 00:00
  |=================================================                     |  71%, ETA 00:00
  |=================================================                     |  71%, ETA 00:00
  |==================================================                    |  71%, ETA 00:00
  |==================================================                    |  71%, ETA 00:00
  |==================================================                    |  71%, ETA 00:00
  |==================================================                    |  71%, ETA 00:00
  |==================================================                    |  71%, ETA 00:00
  |==================================================                    |  71%, ETA 00:00
  |==================================================                    |  71%, ETA 00:00
  |==================================================                    |  71%, ETA 00:00
  |==================================================                    |  71%, ETA 00:00
  |==================================================                    |  72%, ETA 00:00
  |==================================================                    |  72%, ETA 00:00
  |==================================================                    |  72%, ETA 00:00
  |==================================================                    |  72%, ETA 00:00
  |===================================================                   |  72%, ETA 00:00
  |===================================================                   |  72%, ETA 00:00
  |===================================================                   |  72%, ETA 00:00
  |===================================================                   |  73%, ETA 00:00
  |===================================================                   |  73%, ETA 00:00
  |===================================================                   |  73%, ETA 00:00
  |===================================================                   |  73%, ETA 00:00
  |===================================================                   |  73%, ETA 00:00
  |===================================================                   |  73%, ETA 00:00
  |===================================================                   |  73%, ETA 00:00
  |===================================================                   |  74%, ETA 00:00
  |===================================================                   |  74%, ETA 00:00
  |====================================================                  |  74%, ETA 00:00
  |====================================================                  |  74%, ETA 00:00
  |====================================================                  |  75%, ETA 00:00
  |====================================================                  |  75%, ETA 00:00
  |=====================================================                 |  75%, ETA 00:00
  |=====================================================                 |  75%, ETA 00:00
  |=====================================================                 |  75%, ETA 00:00
  |=====================================================                 |  75%, ETA 00:00
  |=====================================================                 |  76%, ETA 00:00
  |=====================================================                 |  76%, ETA 00:00
  |=====================================================                 |  76%, ETA 00:00
  |=====================================================                 |  76%, ETA 00:00
  |=====================================================                 |  76%, ETA 00:00
  |=====================================================                 |  76%, ETA 00:00
  |=====================================================                 |  76%, ETA 00:00
  |=====================================================                 |  76%, ETA 00:00
  |=====================================================                 |  76%, ETA 00:00
  |======================================================                |  77%, ETA 00:00
  |======================================================                |  77%, ETA 00:00
  |======================================================                |  77%, ETA 00:00
  |======================================================                |  77%, ETA 00:00
  |======================================================                |  77%, ETA 00:00
  |======================================================                |  78%, ETA 00:00
  |=======================================================               |  78%, ETA 00:00
  |=======================================================               |  78%, ETA 00:00
  |=======================================================               |  78%, ETA 00:00
  |=======================================================               |  78%, ETA 00:00
  |=======================================================               |  78%, ETA 00:00
  |=======================================================               |  79%, ETA 00:00
  |=======================================================               |  79%, ETA 00:00
  |=======================================================               |  79%, ETA 00:00
  |=======================================================               |  79%, ETA 00:00
  |=======================================================               |  79%, ETA 00:00
  |========================================================              |  79%, ETA 00:00
  |========================================================              |  79%, ETA 00:00
  |========================================================              |  79%, ETA 00:00
  |========================================================              |  80%, ETA 00:00
  |========================================================              |  80%, ETA 00:00
  |========================================================              |  80%, ETA 00:00
  |========================================================              |  80%, ETA 00:00
  |========================================================              |  80%, ETA 00:00
  |========================================================              |  80%, ETA 00:00
  |========================================================              |  80%, ETA 00:00
  |========================================================              |  80%, ETA 00:00
  |========================================================              |  80%, ETA 00:00
  |========================================================              |  81%, ETA 00:00
  |=========================================================             |  81%, ETA 00:00
  |=========================================================             |  81%, ETA 00:00
  |=========================================================             |  81%, ETA 00:00
  |=========================================================             |  81%, ETA 00:00
  |=========================================================             |  81%, ETA 00:00
  |=========================================================             |  81%, ETA 00:00
  |=========================================================             |  81%, ETA 00:00
  |=========================================================             |  82%, ETA 00:00
  |=========================================================             |  82%, ETA 00:00
  |=========================================================             |  82%, ETA 00:00
  |=========================================================             |  82%, ETA 00:00
  |=========================================================             |  82%, ETA 00:00
  |==========================================================            |  82%, ETA 00:00
  |==========================================================            |  82%, ETA 00:00
  |==========================================================            |  82%, ETA 00:00
  |==========================================================            |  82%, ETA 00:00
  |==========================================================            |  83%, ETA 00:00
  |==========================================================            |  83%, ETA 00:00
  |==========================================================            |  83%, ETA 00:00
  |==========================================================            |  83%, ETA 00:00
  |==========================================================            |  83%, ETA 00:00
  |==========================================================            |  83%, ETA 00:00
  |===========================================================           |  84%, ETA 00:00
  |===========================================================           |  84%, ETA 00:00
  |===========================================================           |  84%, ETA 00:00
  |===========================================================           |  84%, ETA 00:00
  |===========================================================           |  84%, ETA 00:00
  |===========================================================           |  84%, ETA 00:00
  |===========================================================           |  84%, ETA 00:00
  |===========================================================           |  85%, ETA 00:00
  |===========================================================           |  85%, ETA 00:00
  |============================================================          |  85%, ETA 00:00
  |============================================================          |  85%, ETA 00:00
  |============================================================          |  85%, ETA 00:00
  |============================================================          |  86%, ETA 00:00
  |============================================================          |  86%, ETA 00:00
  |============================================================          |  86%, ETA 00:00
  |=============================================================         |  87%, ETA 00:00
  |=============================================================         |  87%, ETA 00:00
  |=============================================================         |  87%, ETA 00:00
  |=============================================================         |  87%, ETA 00:00
  |=============================================================         |  87%, ETA 00:00
  |=============================================================         |  87%, ETA 00:00
  |=============================================================         |  87%, ETA 00:00
  |=============================================================         |  87%, ETA 00:00
  |=============================================================         |  87%, ETA 00:00
  |=============================================================         |  88%, ETA 00:00
  |=============================================================         |  88%, ETA 00:00
  |==============================================================        |  88%, ETA 00:00
  |==============================================================        |  88%, ETA 00:00
  |==============================================================        |  88%, ETA 00:00
  |==============================================================        |  88%, ETA 00:00
  |==============================================================        |  88%, ETA 00:00
  |==============================================================        |  89%, ETA 00:00
  |==============================================================        |  89%, ETA 00:00
  |==============================================================        |  89%, ETA 00:00
  |==============================================================        |  89%, ETA 00:00
  |==============================================================        |  89%, ETA 00:00
  |==============================================================        |  89%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  89%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  89%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  90%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  90%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  90%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  90%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  90%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  90%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  90%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  90%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  91%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  91%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  91%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  91%, ETA 00:00
  |===============================================================       |  91%, ETA 00:00
  |================================================================      |  91%, ETA 00:00
  |================================================================      |  91%, ETA 00:00
  |================================================================      |  91%, ETA 00:00
  |================================================================      |  91%, ETA 00:00
  |================================================================      |  91%, ETA 00:00
  |================================================================      |  91%, ETA 00:00
  |================================================================      |  92%, ETA 00:00
  |================================================================      |  92%, ETA 00:00
  |================================================================      |  92%, ETA 00:00
  |================================================================      |  92%, ETA 00:00
  |================================================================      |  92%, ETA 00:00
  |================================================================      |  92%, ETA 00:00
  |================================================================      |  92%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  92%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  92%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  92%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  92%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  92%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  92%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  93%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  93%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  93%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  93%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  93%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  93%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  93%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  93%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  93%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  93%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  93%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  93%, ETA 00:00
  |=================================================================     |  94%, ETA 00:00
  |==================================================================    |  94%, ETA 00:00
  |==================================================================    |  94%, ETA 00:00
  |==================================================================    |  94%, ETA 00:00
  |==================================================================    |  94%, ETA 00:00
  |==================================================================    |  94%, ETA 00:00
  |==================================================================    |  94%, ETA 00:00
  |==================================================================    |  94%, ETA 00:00
  |==================================================================    |  94%, ETA 00:00
  |==================================================================    |  94%, ETA 00:00
  |==================================================================    |  95%, ETA 00:00
  |==================================================================    |  95%, ETA 00:00
  |==================================================================    |  95%, ETA 00:00
  |===================================================================   |  95%, ETA 00:00
  |===================================================================   |  95%, ETA 00:00
  |===================================================================   |  95%, ETA 00:00
  |===================================================================   |  95%, ETA 00:00
  |===================================================================   |  95%, ETA 00:00
  |===================================================================   |  95%, ETA 00:00
  |===================================================================   |  96%, ETA 00:00
  |===================================================================   |  96%, ETA 00:00
  |===================================================================   |  96%, ETA 00:00
  |===================================================================   |  96%, ETA 00:00
  |===================================================================   |  96%, ETA 00:00
  |===================================================================   |  96%, ETA 00:00
  |===================================================================   |  96%, ETA 00:00
  |====================================================================  |  97%, ETA 00:00
  |====================================================================  |  97%, ETA 00:00
  |====================================================================  |  97%, ETA 00:00
  |====================================================================  |  97%, ETA 00:00
  |====================================================================  |  97%, ETA 00:00
  |====================================================================  |  97%, ETA 00:00
  |====================================================================  |  97%, ETA 00:00
  |====================================================================  |  97%, ETA 00:00
  |====================================================================  |  98%, ETA 00:00
  |====================================================================  |  98%, ETA 00:00
  |====================================================================  |  98%, ETA 00:00
  |====================================================================  |  98%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  98%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  98%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  98%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  98%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  98%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  98%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  98%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  99%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  99%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  99%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  99%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  99%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  99%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  99%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  99%, ETA 00:00
  |===================================================================== |  99%, ETA 00:00
  |======================================================================|  99%, ETA 00:00
  |======================================================================| 100%, ETA 00:00
  |======================================================================| 100%, ETA 00:00
  |======================================================================| 100%, ETA 00:00
  |======================================================================| 100%, ETA 00:00
  |==================================================================| 100%, Elapsed 00:01
## Note: When prioritising by significance (ie: small 
##             p-values), large effect sizes might be missed.
head(res$enrichment_result,10)
##                                                   set setSize      pMANOVA
## 93                              Developmental Biology     157 5.069381e-06
## 109          Epigenetic regulation of gene expression      14 5.069381e-06
## 142                   Gene expression (Transcription)     145 5.069381e-06
## 143                     Generic Transcription Pathway     110 5.069381e-06
## 249 Positive epigenetic regulation of rRNA expression      11 5.069381e-06
## 263                   RNA Polymerase II Transcription     130 5.069381e-06
## 370                   Unfolded Protein Response (UPR)      15 8.065043e-02
## 129                     G alpha (i) signalling events      22 1.264269e-01
## 136                        GPCR downstream signalling      30 1.264269e-01
## 137                               GPCR ligand binding      11 1.264269e-01
##         s.clus_0     s.clus_1    s.clus_2    s.clus_3    s.clus_4   p.clus_0
## 93  -0.059079046  0.138152044 -0.06378076 -0.05967931  0.04924609 0.91329223
## 109  0.104697087 -0.032725080  0.08899049 -0.03094615 -0.24164554 0.91329223
## 142  0.074607330 -0.030269164  0.09510341 -0.05272786 -0.15674934 0.91329223
## 143 -0.005699422 -0.026315511  0.07577494 -0.03619524 -0.07280095 0.91329223
## 249  0.110618653 -0.010132647  0.08899049 -0.03094615 -0.20544515 0.91329223
## 263  0.048236205 -0.030838490  0.08288358 -0.03814643 -0.12107702 0.91329223
## 370  0.060594859  0.008810997  0.14103403 -0.09704977  0.05109398 0.22185685
## 129 -0.096846053  0.079557276 -0.09085481 -0.08194998  0.23046575 0.08895868
## 136 -0.109196832  0.041504979 -0.10134913 -0.01181580  0.25431428 0.08895868
## 137  0.030102480  0.098144242 -0.15245735 -0.07309639  0.26357754 0.08895868
##         p.clus_1   p.clus_2  p.clus_3  p.clus_4    s.dist         SD
## 93  0.0002071529 0.04397595 0.3578880 0.4001543 0.1806408 0.09031387
## 109 0.0002071529 0.04397595 0.3578880 0.4001543 0.2816060 0.13857285
## 142 0.0002071529 0.04397595 0.3578880 0.4001543 0.2070694 0.10234344
## 143 0.0002071529 0.04397595 0.3578880 0.4001543 0.1143543 0.05528506
## 249 0.0002071529 0.04397595 0.3578880 0.4001543 0.2518409 0.12548271
## 263 0.0002071529 0.04397595 0.3578880 0.4001543 0.1620562 0.07994903
## 370 0.2051443867 0.41487564 0.2486855 0.8627159 0.1888630 0.08697445
## 129 0.9789899786 0.14766877 0.7949101 0.6572876 0.2894709 0.14445362
## 136 0.9789899786 0.14766877 0.7949101 0.6572876 0.2978819 0.14803245
## 137 0.9789899786 0.14766877 0.7949101 0.6572876 0.3295419 0.16052159
##     p.adjustMANOVA
## 93    2.872649e-05
## 109   2.872649e-05
## 142   2.872649e-05
## 143   2.872649e-05
## 249   2.872649e-05
## 263   2.872649e-05
## 370   3.907741e-01
## 129   3.907741e-01
## 136   3.907741e-01
## 137   3.907741e-01

Mitch plots

This causes an error because in the gene set ggpairs due to so many NAs.

#mitch_plots(res,"res.pdf")
#mitch_report(res,"res.html")

Session info

sessionInfo()
## R version 4.0.0 (2020-04-24)
## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Ubuntu 18.04.5 LTS
## 
## Matrix products: default
## BLAS:   /mnt/md0/app/R-4.0.0/lib/libRblas.so
## LAPACK: /mnt/md0/app/R-4.0.0/lib/libRlapack.so
## 
## locale:
##  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
##  [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
##  [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
##  [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
##  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
## [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## other attached packages:
## [1] future_1.19.1        SeuratWrappers_0.2.0 ggplot2_3.3.2       
## [4] cowplot_1.1.0        dplyr_1.0.2          Seurat_3.2.2        
## [7] mitch_1.0.8         
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##   [1] Rtsne_0.15            colorspace_1.4-1      deldir_0.1-29        
##   [4] ellipsis_0.3.1        ggridges_0.5.2        spatstat.data_1.4-3  
##   [7] farver_2.0.3          leiden_0.3.3          listenv_0.8.0        
##  [10] remotes_2.2.0         ggrepel_0.8.2         codetools_0.2-16     
##  [13] splines_4.0.0         knitr_1.30            polyclip_1.10-0      
##  [16] jsonlite_1.7.1        ica_1.0-2             cluster_2.1.0        
##  [19] png_0.1-7             uwot_0.1.8            shiny_1.5.0          
##  [22] sctransform_0.3       BiocManager_1.30.10   compiler_4.0.0       
##  [25] httr_1.4.2            Matrix_1.2-18         fastmap_1.0.1        
##  [28] lazyeval_0.2.2        limma_3.44.3          later_1.1.0.1        
##  [31] prettyunits_1.1.1     htmltools_0.5.0       tools_4.0.0          
##  [34] rsvd_1.0.3            igraph_1.2.6          gtable_0.3.0         
##  [37] glue_1.4.2            RANN_2.6.1            reshape2_1.4.4       
##  [40] rappdirs_0.3.1        Rcpp_1.0.5            spatstat_1.64-1      
##  [43] vctrs_0.3.4           nlme_3.1-149          lmtest_0.9-38        
##  [46] xfun_0.18             stringr_1.4.0         globals_0.13.0       
##  [49] mime_0.9              miniUI_0.1.1.1        lifecycle_0.2.0      
##  [52] irlba_2.3.3           gtools_3.8.2          goftest_1.2-2        
##  [55] MASS_7.3-53           zoo_1.8-8             scales_1.1.1         
##  [58] hms_0.5.3             promises_1.1.1        spatstat.utils_1.17-0
##  [61] parallel_4.0.0        RColorBrewer_1.1-2    yaml_2.2.1           
##  [64] reticulate_1.16       pbapply_1.4-3         gridExtra_2.3        
##  [67] rpart_4.1-15          reshape_0.8.8         stringi_1.5.3        
##  [70] caTools_1.18.0        echarts4r_0.3.2       rlang_0.4.7          
##  [73] pkgconfig_2.0.3       matrixStats_0.57.0    bitops_1.0-6         
##  [76] evaluate_0.14         lattice_0.20-41       ROCR_1.0-11          
##  [79] purrr_0.3.4           tensor_1.5            labeling_0.3         
##  [82] patchwork_1.0.1       htmlwidgets_1.5.2     tidyselect_1.1.0     
##  [85] GGally_2.0.0          RcppAnnoy_0.0.16      plyr_1.8.6           
##  [88] magrittr_1.5          R6_2.4.1              gplots_3.1.0         
##  [91] generics_0.0.2        pillar_1.4.6          withr_2.3.0          
##  [94] mgcv_1.8-33           fitdistrplus_1.1-1    survival_3.2-7       
##  [97] abind_1.4-5           tibble_3.0.3          future.apply_1.6.0   
## [100] crayon_1.3.4          KernSmooth_2.23-17    plotly_4.9.2.1       
## [103] rmarkdown_2.4         progress_1.2.2        grid_4.0.0           
## [106] data.table_1.13.0     digest_0.6.25         pbmcapply_1.5.0      
## [109] xtable_1.8-4          tidyr_1.1.2           httpuv_1.5.4         
## [112] munsell_0.5.0         beeswarm_0.2.3        viridisLite_0.3.0