library("mitch")
library("Seurat")
library("dplyr")
library("cowplot")
library("ggplot2")
library("SeuratWrappers")
library("future")
plan("multiprocess", workers = 8)
options(future.globals.maxSize = 1000 * 1024^5)dipg <- readRDS('./downsampled_Seu_obj.rds')
markers_0 <- FindMarkers(dipg, ident.1 = 0, min.pct = 0.25)
markers_1 <- FindMarkers(dipg, ident.1 = 1, min.pct = 0.25)
markers_2 <- FindMarkers(dipg, ident.1 = 2, min.pct = 0.25)
markers_3 <- FindMarkers(dipg, ident.1 = 3, min.pct = 0.25)
markers_4 <- FindMarkers(dipg, ident.1 = 4, min.pct = 0.25)x <- list('clus_0'=markers_0,'clus_1'=markers_1,'clus_2'=markers_2,'clus_3'=markers_3,
'clus_4'=markers_4)
y <- mitch_import(x, DEtype="Seurat")## Note: Mean no. genes in input = 577.8## Note: no. genes in output = 1528## Note: estimated proportion of input genes in output = 2.64download.file("https://reactome.org/download/current/ReactomePathways.gmt.zip",
destfile="ReactomePathways.gmt.zip")
unzip("ReactomePathways.gmt.zip")
genesets <- gmt_import("ReactomePathways.gmt")res <- mitch_calc(y, genesets, priority="significance", cores = 4)## Warning in mitch_rank(input_profile): Warning: >60% of genes have the same score. This isn't
## optimal for rank based enrichment analysis.
## Warning in mitch_rank(input_profile): Warning: >60% of genes have the same score. This isn't
## optimal for rank based enrichment analysis.
## Warning in mitch_rank(input_profile): Warning: >60% of genes have the same score. This isn't
## optimal for rank based enrichment analysis.##
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|==================================================================| 100%, Elapsed 00:01## Note: When prioritising by significance (ie: small
## p-values), large effect sizes might be missed.head(res$enrichment_result,10)## set setSize pMANOVA
## 93 Developmental Biology 157 5.069381e-06
## 109 Epigenetic regulation of gene expression 14 5.069381e-06
## 142 Gene expression (Transcription) 145 5.069381e-06
## 143 Generic Transcription Pathway 110 5.069381e-06
## 249 Positive epigenetic regulation of rRNA expression 11 5.069381e-06
## 263 RNA Polymerase II Transcription 130 5.069381e-06
## 370 Unfolded Protein Response (UPR) 15 8.065043e-02
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## 136 3.907741e-01
## 137 3.907741e-01This causes an error because in the gene set ggpairs due to so many NAs.
#mitch_plots(res,"res.pdf")
#mitch_report(res,"res.html")sessionInfo()## R version 4.0.0 (2020-04-24)
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