DE analysis with Mito-Q/G data

Source: https://github.com/markziemann/mitoG.git View reports: http://118.138.234.73/public/mel/mitoG/

Introduction

Here are the list of figures I'm thinking to include in the paper:

1. Venn/UpSet (Fig.40/42 in the report)
2. Rank-rank (Fig.43)
3. Rank-rank or enrichment plots to show specific pathways eg electron transport, gluconeogenesis, NFkB, diabetic nephropathy associated genes
4. MA plot(Fig.23) between Akita+V and Akita+MitoG (or something prettier)
5. heatmap between Akita+V and Akita+MitgoG

And anything else you think is appropriate and that we should include in the paper.

Methods

Approximately 200 ng of total RNA underwent RNA depletion using the NEBNext rRNA Depletion Kit followed by library construction using an NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina (both from New England BioLabs Inc.). Barcoded libraries underwent Illumina 100 cycle single-read sequencing at the Australian Genome Research Facility, Melbourne, using HiSeq version 4 reagents. Reads underwent trimming in Skewer version 0.2.2 [1] in order to remove bases with quality less than Phred 20. Reads were then mapped to Gencode mouse v25 transcripts with kallisto version 0.46.1 [2]. Tabular data was read into R version 4.0.2 for downstream analysis. Transcript level counts were then aggegated to gene level counts. For each contrast, genes with an average of fewer than 10 counts were excluded. The resulting count matrix underwent differential analysis with DESeq2 version 1.28.1 [3]. Mouse gene names were mapped to human using data from Ensembl Biomart v101 [4] Enrichment analysis was performed using mitch v1.0.8 [5] with gene sets from Reactome [6] (obtained 8/Oct/2020). Additionally, gene sets related to diabetes were obtained from MsigDB v7.2 [7]. Genes and gene sets with false discovery rate adjusted p-values (FDR) < 0.05 were considered statistically significant.

References

1. Jiang H, Lei R, Ding SW, Zhu S. Skewer: a fast and accurate adapter trimmer for next-generation sequencing paired-end reads. BMC Bioinformatics. 2014 Jun 12;15:182. doi: 10.1186/1471-2105-15-182. PMID: 24925680; PMCID: PMC4074385.

2. Bray NL, Pimentel H, Melsted P, Pachter L. Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification. Nat Biotechnol. 2016 May;34(5):525-7. doi: 10.1038/nbt.3519. Epub 2016 Apr 4. Erratum in: Nat Biotechnol. 2016 Aug 9;34(8):888. PMID: 27043002.

3. Love MI, Huber W, Anders S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2. Genome Biol. 2014;15(12):550. doi: 10.1186/s13059-014-0550-8. PMID: 25516281; PMCID: PMC4302049.

4. Kinsella RJ, Kähäri A, Haider S, Zamora J, Proctor G, Spudich G, Almeida-King J, Staines D, Derwent P, Kerhornou A, Kersey P, Flicek P. Ensembl BioMarts: a hub for data retrieval across taxonomic space. Database (Oxford). 2011 Jul 23;2011:bar030. doi: 10.1093/database/bar030. PMID: 21785142; PMCID: PMC3170168.

5. Kaspi A, Ziemann M. mitch: multi-contrast pathway enrichment for multi-omics and single-cell profiling data. BMC Genomics. 2020 Jun 29;21(1):447. doi: 10.1186/s12864-020-06856-9. PMID: 32600408; PMCID: PMC7325150.

6. Jassal B, Matthews L, Viteri G, Gong C, Lorente P, Fabregat A, Sidiropoulos K, Cook J, Gillespie M, Haw R, Loney F, May B, Milacic M, Rothfels K, Sevilla C, Shamovsky V, Shorser S, Varusai T, Weiser J, Wu G, Stein L, Hermjakob H, D'Eustachio P. The reactome pathway knowledgebase. Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D498-D503. doi: 10.1093/nar/gkz1031. PMID: 31691815; PMCID: PMC7145712.

7. Liberzon A, Birger C, Thorvaldsdóttir H, Ghandi M, Mesirov JP, Tamayo P. The Molecular Signatures Database (MSigDB) hallmark gene set collection. Cell Syst. 2015 Dec 23;1(6):417-425. doi: 10.1016/j.cels.2015.12.004. PMID: 26771021; PMCID: PMC4707969.

Libraries

suppressPackageStartupMessages({
  library("tidyverse")
  library("reshape2")
  library("DESeq2")
  library("gplots")
  library("eulerr")
  library("mitch")
})

Read in the data

First read in the data. We can see how many reads were assigned.

tmp <- read.table("3col.tsv",header=F)
x <- acast(tmp, V2~V1, value.var="V3", fun.aggregate = sum)
x <- as.data.frame(x)
dim(x)

## [1] 142604     40

head(x,2)

##                                                                                                                          het-etoh_rep1
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## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|              0
##                                                                                                                          het-etoh_rep2
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|          1203
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|              0
##                                                                                                                          het-etoh_rep3
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|           887
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|              0
##                                                                                                                          het-etoh_rep4
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|          1342
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|              0
##                                                                                                                          het-etoh_rep5
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|          1134
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|              0
##                                                                                                                          het-h20_rep1
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|         1044
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|             0
##                                                                                                                          het-h20_rep2
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|          209
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|             0
##                                                                                                                          het-h20_rep3
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|          600
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|             0
##                                                                                                                          het-h20_rep4
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|         1760
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|             0
##                                                                                                                          het-h20_rep5
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|          252
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|             0
##                                                                                                                          het-mitoG_rep1
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|            986
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|               0
##                                                                                                                          het-mitoG_rep2
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|           1419
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|               0
##                                                                                                                          het-mitoG_rep3
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|           1460
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|               0
##                                                                                                                          het-mitoG_rep4
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|           1031
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|               0
##                                                                                                                          het-mitoG_rep5
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|            840
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|               0
##                                                                                                                          het-mitoQ_rep1
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|           1287
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|               0
##                                                                                                                          het-mitoQ_rep2
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|            659
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|               0
##                                                                                                                          het-mitoQ_rep3
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|            798
## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|               0
##                                                                                                                          het-mitoQ_rep4
## ENSMUST00000000001.4|ENSMUSG00000000001.4|OTTMUSG00000007197.1|OTTMUST00000016610.1|Gnai3-201|Gnai3|3262|protein_coding|            814
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##                                                                                                                          het-mitoQ_rep5
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##                                                                                                                          wt-h2o_rep1
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##                                                                                                                          wt-h2o_rep2
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## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|            0
##                                                                                                                          wt-h2o_rep3
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## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|            0
##                                                                                                                          wt-h2o_rep4
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## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|            0
##                                                                                                                          wt-h2o_rep5
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##                                                                                                                          wt-mitoG_rep1
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##                                                                                                                          wt-mitoG_rep2
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##                                                                                                                          wt-mitoG_rep3
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##                                                                                                                          wt-mitoG_rep4
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##                                                                                                                          wt-mitoG_rep5
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##                                                                                                                          wt-mitoQ_rep1
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##                                                                                                                          wt-mitoQ_rep2
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## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|              0
##                                                                                                                          wt-mitoQ_rep3
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##                                                                                                                          wt-mitoQ_rep4
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##                                                                                                                          wt-mitoQ_rep5
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## ENSMUST00000000003.13|ENSMUSG00000000003.15|OTTMUSG00000017891.1|OTTMUST00000043268.1|Pbsn-201|Pbsn|902|protein_coding|              0

par(mar=c(5,15,5,5))
colSums(x)

##  het-etoh_rep1  het-etoh_rep2  het-etoh_rep3  het-etoh_rep4  het-etoh_rep5 
##       20200528       19075474       14753516       19573386       16433698 
##   het-h20_rep1   het-h20_rep2   het-h20_rep3   het-h20_rep4   het-h20_rep5 
##       15828551       11593446       14907756       23110232        9107009 
## het-mitoG_rep1 het-mitoG_rep2 het-mitoG_rep3 het-mitoG_rep4 het-mitoG_rep5 
##       14161464       18409650       18667537       15655750       14203548 
## het-mitoQ_rep1 het-mitoQ_rep2 het-mitoQ_rep3 het-mitoQ_rep4 het-mitoQ_rep5 
##       17903961       14599949       16430559       15723830       14752237 
##   wt-etoh_rep1   wt-etoh_rep2   wt-etoh_rep3   wt-etoh_rep4   wt-etoh_rep5 
##       15290220       18324694       24321783       16036639       18178616 
##    wt-h2o_rep1    wt-h2o_rep2    wt-h2o_rep3    wt-h2o_rep4    wt-h2o_rep5 
##       12072000       15166412       16318600        9964426       15666634 
##  wt-mitoG_rep1  wt-mitoG_rep2  wt-mitoG_rep3  wt-mitoG_rep4  wt-mitoG_rep5 
##       14234483       11690364       15621633       14017071       21357620 
##  wt-mitoQ_rep1  wt-mitoQ_rep2  wt-mitoQ_rep3  wt-mitoQ_rep4  wt-mitoQ_rep5 
##       11918721       14042052        9179780       11477928       17654174

barplot(colSums(x),horiz=TRUE,las=2,main="assigned reads")

Aggregate reads to genes

x$gene_id <- sapply(  strsplit(rownames(x),"\\|") , "[[" ,2 ) 
x$gene_name <- sapply(  strsplit(rownames(x),"\\|") , "[[" ,6 ) 
x$gene <- paste(x$gene_id, x$gene_name)
x$gene_id = x$gene_name = NULL

xx <- aggregate(. ~ gene, x, sum) 
rownames(xx) <- xx$gene
xx$gene = NULL
xx <- round(xx)

MDS plot

MDS plot shows similarity between samples across the whole experiment.

par(mar=c(5,5,5,5))
mydist <- cmdscale(dist(t(xx)))
plot(mydist, xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", type = "n")
text(mydist, labels=colnames(xx), )

Sample sheet

ss <- as.data.frame ( colnames(xx) )
ss$geno <- factor(as.integer(grepl("het",ss[,1])))
ss$trt <- sapply(strsplit(ss[,1],"_"),"[[",1)
ss$trt <- sapply(strsplit(ss$trt,"-"),"[[",2)

Contrast 1 test for H2O vs EtOH in wt mice

NAME="DE1: H2O vs EtOH in wt mice"
ss1 <- subset(ss,geno==0)
ss1 <- subset(ss1,trt=="h2o" | trt=="etoh")
ss1$trt <- factor(ss1$trt,levels=c("h2o","etoh"))

x1 <- as.data.frame(xx[,ss1[,1]  ])
x1 <- x1[which(rowSums(x1)>10),] 

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = x1 , colData = ss1, design = ~ trt )

## converting counts to integer mode

res <- DESeq(dds)

## estimating size factors

## estimating dispersions

## gene-wise dispersion estimates

## mean-dispersion relationship

## final dispersion estimates

## fitting model and testing

z<- results(res)
vsd <- vst(dds, blind=FALSE)
zz<-cbind(as.data.frame(z),assay(vsd))
dge<-as.data.frame(zz[order(zz$pvalue),])
head(dge,10)

##                                 baseMean log2FoldChange     lfcSE      stat
## ENSMUSG00000058740.14 Kcnt1    60.063493      -2.053766 0.3243611 -6.331725
## ENSMUSG00000111326.1 Gm3953   814.910786      -7.660952 1.2364255 -6.196048
## ENSMUSG00000099702.1 Gm29013  156.661025      -6.103263 1.1980929 -5.094149
## ENSMUSG00000097854.1 Gm26602    8.206913       5.111213 1.0137429  5.041922
## ENSMUSG00000035403.10 Crb2     58.950263      -1.226526 0.2475488 -4.954685
## ENSMUSG00000105285.1 Gm43238   15.583348       7.255896 1.4817608  4.896806
## ENSMUSG00000063564.13 Col23a1  26.450385      -1.280108 0.2672846 -4.789307
## ENSMUSG00000079575.3 Rbpj-ps3   9.478595      -5.718048 1.2074929 -4.735471
## ENSMUSG00000030895.9 Hpx       41.042224      -6.905466 1.4586835 -4.734040
## ENSMUSG00000045045.7 Lrfn4     92.307948      -1.412297 0.3002246 -4.704136
##                                     pvalue         padj wt-etoh_rep1
## ENSMUSG00000058740.14 Kcnt1   2.424348e-10 4.805301e-06     5.756491
## ENSMUSG00000111326.1 Gm3953   5.789834e-10 5.738015e-06     4.974698
## ENSMUSG00000099702.1 Gm29013  3.503121e-07 2.283773e-03     4.533641
## ENSMUSG00000097854.1 Gm26602  4.608794e-07 2.283773e-03     5.724910
## ENSMUSG00000035403.10 Crb2    7.244768e-07 2.871971e-03     5.930526
## ENSMUSG00000105285.1 Gm43238  9.740668e-07 3.217830e-03     6.561021
## ENSMUSG00000063564.13 Col23a1 1.673586e-06 4.738879e-03     5.206729
## ENSMUSG00000079575.3 Rbpj-ps3 2.185468e-06 4.847205e-03     4.533641
## ENSMUSG00000030895.9 Hpx      2.200940e-06 4.847205e-03     4.382048
## ENSMUSG00000045045.7 Lrfn4    2.549437e-06 5.053240e-03     6.198038
##                               wt-etoh_rep2 wt-etoh_rep3 wt-etoh_rep4
## ENSMUSG00000058740.14 Kcnt1       5.584013     5.773517     5.698217
## ENSMUSG00000111326.1 Gm3953       5.103660     4.828745     5.113479
## ENSMUSG00000099702.1 Gm29013      5.193893     4.304561     4.514463
## ENSMUSG00000097854.1 Gm26602      5.149850     5.469299     5.303501
## ENSMUSG00000035403.10 Crb2        5.801344     6.047295     5.893845
## ENSMUSG00000105285.1 Gm43238      4.486896     5.951506     6.271167
## ENSMUSG00000063564.13 Col23a1     5.490765     5.493918     5.259306
## ENSMUSG00000079575.3 Rbpj-ps3     4.012671     4.012671     4.012671
## ENSMUSG00000030895.9 Hpx          4.348750     4.304561     4.012671
## ENSMUSG00000045045.7 Lrfn4        6.068583     6.582902     6.364150
##                               wt-etoh_rep5 wt-h2o_rep1 wt-h2o_rep2 wt-h2o_rep3
## ENSMUSG00000058740.14 Kcnt1       5.442932    7.233768    6.619603    7.505304
## ENSMUSG00000111326.1 Gm3953       4.997685   12.732622   10.217098    6.860886
## ENSMUSG00000099702.1 Gm29013      4.896997   10.353803    6.810020    7.305615
## ENSMUSG00000097854.1 Gm26602      5.169670    4.012671    4.012671    4.012671
## ENSMUSG00000035403.10 Crb2        6.212005    6.411551    7.186251    6.759056
## ENSMUSG00000105285.1 Gm43238      4.948880    4.012671    4.012671    4.012671
## ENSMUSG00000063564.13 Col23a1     5.348692    5.950607    6.090221    6.009891
## ENSMUSG00000079575.3 Rbpj-ps3     4.012671    5.145925    6.513449    5.092961
## ENSMUSG00000030895.9 Hpx          4.329607    8.524241    5.413404    4.482072
## ENSMUSG00000045045.7 Lrfn4        6.274416    7.116046    7.498416    7.774743
##                               wt-h2o_rep4 wt-h2o_rep5
## ENSMUSG00000058740.14 Kcnt1      7.001975    6.233973
## ENSMUSG00000111326.1 Gm3953      6.330885    6.080096
## ENSMUSG00000099702.1 Gm29013     6.234488    5.189734
## ENSMUSG00000097854.1 Gm26602     4.661442    4.012671
## ENSMUSG00000035403.10 Crb2       6.943833    6.657072
## ENSMUSG00000105285.1 Gm43238     4.012671    4.012671
## ENSMUSG00000063564.13 Col23a1    6.056178    6.103226
## ENSMUSG00000079575.3 Rbpj-ps3    4.922757    4.734757
## ENSMUSG00000030895.9 Hpx         6.267407    4.734757
## ENSMUSG00000045045.7 Lrfn4       7.633765    6.444472

de1 <- dge

sig <- subset(dge,padj<0.05)
sig_up <- rownames(subset(sig,log2FoldChange>0))
sig_dn <- rownames(subset(sig,log2FoldChange<0))
cnt_deg <- nrow(sig)
cnt_up <-length(sig_up)
cnt_dn <- length(sig_dn)


#MDS PLOT
plot(cmdscale(dist(t(x1))), xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", type = "n")
text(cmdscale(dist(t(x1))), labels=colnames(x1), )

# ma plot
HEADING=paste(NAME, cnt_deg, "DGEs", cnt_up, "up", cnt_dn, "dn")
plot(log2(dge$baseMean),dge$log2FoldChange,main=HEADING,col="gray",pch=19,cex=0.5,xlab="log2(base mean)",ylab="log2(fold change)")
points(log2(sig$baseMean),sig$log2FoldChange,col="red",pch=19,cex=0.5)

# heatmap
if (cnt_deg>50) {cnt_deg=50}
if (cnt_deg>2) {
  mycols <- gsub("h2o","yellow",ss1$trt)
  mycols <- gsub("etoh","orange",mycols)
  colfunc <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))
  x1 <- x1/colSums(x1)*1e6
  mx <- as.matrix(x1[which(rownames(x1) %in% rownames(dge)[seq_len(cnt_deg)]),])
  heatmap.2(mx,trace="none",scale="row",margin=c(10,15), 
    ColSideColors =mycols , col=colfunc(25),cexRow = 0.7 )
}

Contrast 2 test for H2O vs mitoQ in wt mice

NAME="DE2: H2O vs mitoQ in wt mice"
ss1 <- subset(ss,geno==0)
ss1 <- subset(ss1,trt=="h2o" | trt=="mitoQ")
ss1$trt <- factor(ss1$trt,levels=c("h2o","mitoQ"))

x1 <- as.data.frame(xx[,ss1[,1]  ])
x1 <- x1[which(rowSums(x1)>10),]

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = x1 , colData = ss1, design = ~ trt )

## converting counts to integer mode

res <- DESeq(dds)

## estimating size factors

## estimating dispersions

## gene-wise dispersion estimates

## mean-dispersion relationship

## final dispersion estimates

## fitting model and testing

z<- results(res)
vsd <- vst(dds, blind=FALSE)
zz<-cbind(as.data.frame(z),assay(vsd))
dge<-as.data.frame(zz[order(zz$pvalue),])
head(dge,10)

##                                     baseMean log2FoldChange     lfcSE      stat
## ENSMUSG00000111326.1 Gm3953       655.720011     -5.9011462 1.2676406 -4.655220
## ENSMUSG00000069939.8 Gm12070        5.434801     -5.7620864 1.2857287 -4.481573
## ENSMUSG00000102222.1 Pcdhga10       5.806045     -5.8507855 1.3103140 -4.465178
## ENSMUSG00000118642.1 CT010467.2 31947.712475     -0.9442562 0.2252536 -4.191969
## ENSMUSG00000100039.1 Gm28959       34.461646      8.7169855 2.0828216  4.185181
## ENSMUSG00000040857.15 Erf         282.856187     -0.5954412 0.1452279 -4.100046
## ENSMUSG00000071076.6 Jund         690.793319     -0.5898984 0.1496877 -3.940860
## ENSMUSG00000065947.3 mt-Nd4l     7984.026365      1.2364498 0.3152354  3.922306
## ENSMUSG00000064367.1 mt-Nd5     44236.022404      0.8598935 0.2220372  3.872746
## ENSMUSG00000025127.15 Gcgr        166.264311     -0.6298010 0.1645378 -3.827697
##                                       pvalue       padj wt-h2o_rep1 wt-h2o_rep2
## ENSMUSG00000111326.1 Gm3953     3.236342e-06 0.07188461   12.397604    9.906621
## ENSMUSG00000069939.8 Gm12070    7.409504e-06 0.07188461    3.641556    5.405154
## ENSMUSG00000102222.1 Pcdhga10   8.000216e-06 0.07188461    5.444479    3.641556
## ENSMUSG00000118642.1 CT010467.2 2.765442e-05 0.15361628   15.182995   15.447755
## ENSMUSG00000100039.1 Gm28959    2.849389e-05 0.15361628    3.641556    3.641556
## ENSMUSG00000040857.15 Erf       4.130672e-05 0.18557734    8.430231    8.627925
## ENSMUSG00000071076.6 Jund       8.118996e-05 0.29552382    9.808202    9.922969
## ENSMUSG00000065947.3 mt-Nd4l    8.770554e-05 0.29552382   10.932877   11.844212
## ENSMUSG00000064367.1 mt-Nd5     1.076159e-04 0.32232158   14.787204   14.582676
## ENSMUSG00000025127.15 Gcgr      1.293476e-04 0.34217183    7.674341    7.637735
##                                 wt-h2o_rep3 wt-h2o_rep4 wt-h2o_rep5
## ENSMUSG00000111326.1 Gm3953        6.545167    5.987333    5.749737
## ENSMUSG00000069939.8 Gm12070       4.882275    4.847725    5.115525
## ENSMUSG00000102222.1 Pcdhga10      4.839607    4.847725    5.264954
## ENSMUSG00000118642.1 CT010467.2   15.201740   15.818471   15.009735
## ENSMUSG00000100039.1 Gm28959       3.641556    3.641556    3.641556
## ENSMUSG00000040857.15 Erf          8.444416    8.661348    8.341445
## ENSMUSG00000071076.6 Jund          9.418555    9.717958    9.793873
## ENSMUSG00000065947.3 mt-Nd4l      12.950358   12.279471   12.397008
## ENSMUSG00000064367.1 mt-Nd5       15.032894   14.796276   15.374549
## ENSMUSG00000025127.15 Gcgr         8.041085    8.069706    7.622639
##                                 wt-mitoQ_rep1 wt-mitoQ_rep2 wt-mitoQ_rep3
## ENSMUSG00000111326.1 Gm3953          5.936375      4.844705      5.921707
## ENSMUSG00000069939.8 Gm12070         3.641556      3.641556      3.641556
## ENSMUSG00000102222.1 Pcdhga10        3.641556      3.641556      3.641556
## ENSMUSG00000118642.1 CT010467.2     14.835706     14.631930     13.818514
## ENSMUSG00000100039.1 Gm28959         3.641556      6.793177      6.973423
## ENSMUSG00000040857.15 Erf            8.067497      7.886904      8.214966
## ENSMUSG00000071076.6 Jund            9.319449      9.231711      8.886244
## ENSMUSG00000065947.3 mt-Nd4l        13.156432     13.325963     13.892186
## ENSMUSG00000064367.1 mt-Nd5         15.259752     15.782630     16.312982
## ENSMUSG00000025127.15 Gcgr           7.325205      7.271611      7.241838
##                                 wt-mitoQ_rep4 wt-mitoQ_rep5
## ENSMUSG00000111326.1 Gm3953          4.972333      4.948456
## ENSMUSG00000069939.8 Gm12070         3.641556      3.641556
## ENSMUSG00000102222.1 Pcdhga10        3.641556      3.641556
## ENSMUSG00000118642.1 CT010467.2     14.246396     14.348315
## ENSMUSG00000100039.1 Gm28959         7.401282      4.911804
## ENSMUSG00000040857.15 Erf            7.880177      7.761737
## ENSMUSG00000071076.6 Jund            9.033164      9.314243
## ENSMUSG00000065947.3 mt-Nd4l        13.390849     13.403255
## ENSMUSG00000064367.1 mt-Nd5         15.811796     15.632662
## ENSMUSG00000025127.15 Gcgr           7.241565      7.262509

de2 <- dge

sig <- subset(dge,padj<0.05)
sig_up <- rownames(subset(sig,log2FoldChange>0))
sig_dn <- rownames(subset(sig,log2FoldChange<0))
cnt_deg <- nrow(sig)
cnt_up <-length(sig_up)
cnt_dn <- length(sig_dn)


#MDS PLOT
plot(cmdscale(dist(t(x1))), xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", type = "n")
text(cmdscale(dist(t(x1))), labels=colnames(x1), )

# ma plot
HEADING=paste(NAME, cnt_deg, "DGEs", cnt_up, "up", cnt_dn, "dn")
plot(log2(dge$baseMean),dge$log2FoldChange,main=HEADING,col="gray",pch=19,cex=0.5,xlab="log2(base mean)",ylab="log2(fold change)")
points(log2(sig$baseMean),sig$log2FoldChange,col="red",pch=19,cex=0.5)

# heatmap
if (cnt_deg>50) {cnt_deg=50}
if (cnt_deg>2) {
  mycols <- gsub("h2o","yellow",ss1$trt)
  mycols <- gsub("mitoQ","orange",mycols)
  colfunc <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))
  x1 <- x1/colSums(x1)*1e6
  mx <- as.matrix(x1[which(rownames(x1) %in% rownames(dge)[seq_len(cnt_deg)]),])
  heatmap.2(mx,trace="none",scale="row",margin=c(10,15),
    ColSideColors =mycols , col=colfunc(25),cexRow = 0.7 )
}

Contrast 3 test for EtOH vs MitoG in wt mice

NAME="DE3: EtOH vs mitoG in wt mice"
ss1 <- subset(ss,geno==0)
ss1 <- subset(ss1,trt=="etoh" | trt=="mitoG")
ss1$trt <- factor(ss1$trt,levels=c("etoh","mitoG"))

x1 <- as.data.frame(xx[,ss1[,1]  ])
x1 <- x1[which(rowSums(x1)>10),]

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = x1 , colData = ss1, design = ~ trt )

## converting counts to integer mode

res <- DESeq(dds)

## estimating size factors

## estimating dispersions

## gene-wise dispersion estimates

## mean-dispersion relationship

## final dispersion estimates

## fitting model and testing

z<- results(res)
vsd <- vst(dds, blind=FALSE)
zz<-cbind(as.data.frame(z),assay(vsd))
dge<-as.data.frame(zz[order(zz$pvalue),])
head(dge,10)

##                                    baseMean log2FoldChange      lfcSE      stat
## ENSMUSG00000101249.1 Gm29216    29564.78286      0.6659669 0.12279298  5.423493
## ENSMUSG00000064360.1 mt-Nd3      7000.24709      0.6697538 0.12600500  5.315295
## ENSMUSG00000118642.1 CT010467.2 31824.38718     -0.5534227 0.11211805 -4.936072
## ENSMUSG00000086691.2 Gm15432       15.44802     -2.0220675 0.41148843 -4.914032
## ENSMUSG00000074519.11 Zfp971      197.25667      0.5478454 0.11573470  4.733632
## ENSMUSG00000108884.1 Gm45792     1664.89412      0.5576862 0.11798300  4.726836
## ENSMUSG00000064220.6 H2ac18       106.91754     -1.0948685 0.23272795 -4.704499
## ENSMUSG00000041058.15 Wwp1       4340.31947      0.3010531 0.06445506  4.670745
## ENSMUSG00000028001.16 Fga         230.99162     -0.6896911 0.14888021 -4.632524
## ENSMUSG00000022366.12 Slc22a22   1510.10417      0.3646368 0.08125657  4.487474
##                                       pvalue         padj wt-etoh_rep1
## ENSMUSG00000101249.1 Gm29216    5.844557e-08 0.0003163658    14.580964
## ENSMUSG00000064360.1 mt-Nd3     1.064846e-07 0.0003163658    12.502134
## ENSMUSG00000118642.1 CT010467.2 7.971184e-07 0.0015788259    15.231084
## ENSMUSG00000086691.2 Gm15432    8.922198e-07           NA     6.965561
## ENSMUSG00000074519.11 Zfp971    2.205379e-06           NA     8.070630
## ENSMUSG00000108884.1 Gm45792    2.280457e-06 0.0033876189    10.573666
## ENSMUSG00000064220.6 H2ac18     2.544898e-06           NA     8.131149
## ENSMUSG00000041058.15 Wwp1      3.001090e-06 0.0035664952    12.075874
## ENSMUSG00000028001.16 Fga       3.612349e-06           NA     8.785900
## ENSMUSG00000022366.12 Slc22a22  7.207256e-06 0.0067007748    10.656490
##                                 wt-etoh_rep2 wt-etoh_rep3 wt-etoh_rep4
## ENSMUSG00000101249.1 Gm29216       14.446454    14.694471    14.493597
## ENSMUSG00000064360.1 mt-Nd3        12.418883    12.576163    12.479949
## ENSMUSG00000118642.1 CT010467.2    14.981112    15.342749    15.315479
## ENSMUSG00000086691.2 Gm15432        7.063069     7.170640     6.996426
## ENSMUSG00000074519.11 Zfp971        8.249428     8.020636     8.218642
## ENSMUSG00000108884.1 Gm45792       10.495753    10.317167    10.503266
## ENSMUSG00000064220.6 H2ac18         7.939177     8.179648     7.802956
## ENSMUSG00000041058.15 Wwp1         12.032266    11.842831    12.007162
## ENSMUSG00000028001.16 Fga           8.727533     8.646686     8.770488
## ENSMUSG00000022366.12 Slc22a22     10.543516    10.506754    10.556517
##                                 wt-etoh_rep5 wt-mitoG_rep1 wt-mitoG_rep2
## ENSMUSG00000101249.1 Gm29216       14.184126     15.539325     14.920285
## ENSMUSG00000064360.1 mt-Nd3        12.183617     13.516098     12.829599
## ENSMUSG00000118642.1 CT010467.2    15.170098     14.241402     14.862856
## ENSMUSG00000086691.2 Gm15432        6.910356      6.591115      6.556892
## ENSMUSG00000074519.11 Zfp971        8.279102      8.583331      8.452785
## ENSMUSG00000108884.1 Gm45792       10.777367     11.299970     10.960607
## ENSMUSG00000064220.6 H2ac18         8.336743      7.278799      7.521050
## ENSMUSG00000041058.15 Wwp1         11.922080     12.355445     12.236775
## ENSMUSG00000028001.16 Fga           8.634873      8.132853      8.069008
## ENSMUSG00000022366.12 Slc22a22     10.289225     10.803638     10.823359
##                                 wt-mitoG_rep3 wt-mitoG_rep4 wt-mitoG_rep5
## ENSMUSG00000101249.1 Gm29216        15.068011     15.154550     14.993904
## ENSMUSG00000064360.1 mt-Nd3         13.137110     12.976564     12.900896
## ENSMUSG00000118642.1 CT010467.2     14.725583     14.631592     14.776441
## ENSMUSG00000086691.2 Gm15432         6.596561      6.452998      6.754775
## ENSMUSG00000074519.11 Zfp971         8.538600      8.498393      8.500459
## ENSMUSG00000108884.1 Gm45792        10.822106     11.219787     10.909479
## ENSMUSG00000064220.6 H2ac18          7.551214      7.398146      7.840233
## ENSMUSG00000041058.15 Wwp1          12.315733     12.205508     12.226535
## ENSMUSG00000028001.16 Fga            8.180690      8.204216      8.596291
## ENSMUSG00000022366.12 Slc22a22      10.957671     10.800582     10.847679

de3 <- dge

sig <- subset(dge,padj<0.05)
sig_up <- rownames(subset(sig,log2FoldChange>0))
sig_dn <- rownames(subset(sig,log2FoldChange<0))
cnt_deg <- nrow(sig)
cnt_up <-length(sig_up)
cnt_dn <- length(sig_dn)


#MDS PLOT
plot(cmdscale(dist(t(x1))), xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", type = "n")
text(cmdscale(dist(t(x1))), labels=colnames(x1), )

# ma plot
HEADING=paste(NAME, cnt_deg, "DGEs", cnt_up, "up", cnt_dn, "dn")
plot(log2(dge$baseMean),dge$log2FoldChange,main=HEADING,col="gray",pch=19,cex=0.5,xlab="log2(base mean)",ylab="log2(fold change)")
points(log2(sig$baseMean),sig$log2FoldChange,col="red",pch=19,cex=0.5)

# heatmap
if (cnt_deg>50) {cnt_deg=50}
if (cnt_deg>2) {
  mycols <- gsub("etoh","yellow",ss1$trt)
  mycols <- gsub("mitoG","orange",mycols)
  colfunc <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))
  x1 <- x1/colSums(x1)*1e6
  mx <- as.matrix(x1[which(rownames(x1) %in% rownames(dge)[seq_len(cnt_deg)]),])
  heatmap.2(mx,trace="none",scale="row",margin=c(10,15),
    ColSideColors =mycols , col=colfunc(25),cexRow = 0.7 )
}

Contrast 4 test for H2O vs EtOH in het mice

NAME="DE4: H2O vs EtOH het mice"
ss1 <- subset(ss,geno==1)
ss1 <- subset(ss1,trt=="h20" | trt=="etoh")
ss1$trt <- factor(ss1$trt,levels=c("h20","etoh"))

x1 <- as.data.frame(xx[,ss1[,1]  ])
x1 <- x1[which(rowSums(x1)>10),]

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = x1 , colData = ss1, design = ~ trt )

## converting counts to integer mode

res <- DESeq(dds)

## estimating size factors

## estimating dispersions

## gene-wise dispersion estimates

## mean-dispersion relationship

## final dispersion estimates

## fitting model and testing

z<- results(res)
vsd <- vst(dds, blind=FALSE)
zz<-cbind(as.data.frame(z),assay(vsd))
dge<-as.data.frame(zz[order(zz$pvalue),])
head(dge,10)

##                                  baseMean log2FoldChange     lfcSE      stat
## ENSMUSG00000067719.5 Gm10221     35.98578     -8.8143066 0.9507899 -9.270509
## ENSMUSG00000084416.3 Rpl10a-ps1  38.71098    -23.6654354 3.0272624 -7.817438
## ENSMUSG00000105008.1 Gm43652     56.48936     -1.5918431 0.2398536 -6.636727
## ENSMUSG00000040488.18 Ltbp4     481.37751      0.7736136 0.1194684  6.475468
## ENSMUSG00000092746.2 Rn7s6       21.01591      2.4151164 0.4042234  5.974707
## ENSMUSG00000108845.1 Gm45090    773.77194     -1.4543088 0.2469193 -5.889814
## ENSMUSG00000005547.14 Cyp2a5    851.84457      1.2612593 0.2168485  5.816316
## ENSMUSG00000001751.9 Naglu      299.35253      0.6710224 0.1171527  5.727757
## ENSMUSG00000078624.4 Olfr613     72.67206     -1.4151520 0.2506217 -5.646566
## ENSMUSG00000103234.1 Gm37158    246.66252     -1.4321899 0.2548519 -5.619694
##                                       pvalue         padj het-etoh_rep1
## ENSMUSG00000067719.5 Gm10221    1.852592e-20 4.041800e-16      4.291842
## ENSMUSG00000084416.3 Rpl10a-ps1 5.390937e-15 5.880704e-11      4.291842
## ENSMUSG00000105008.1 Gm43652    3.207240e-11 2.332412e-07      6.247571
## ENSMUSG00000040488.18 Ltbp4     9.451846e-11 5.155273e-07      9.447973
## ENSMUSG00000092746.2 Rn7s6      2.305046e-09 1.005784e-05      5.990527
## ENSMUSG00000108845.1 Gm45090    3.866307e-09 1.405854e-05      8.501083
## ENSMUSG00000005547.14 Cyp2a5    6.015887e-09 1.874980e-05     10.296072
## ENSMUSG00000001751.9 Naglu      1.017673e-08 2.775320e-05      8.799151
## ENSMUSG00000078624.4 Olfr613    1.636843e-08 3.664449e-05      6.351549
## ENSMUSG00000103234.1 Gm37158    1.912959e-08 3.664449e-05      7.486603
##                                 het-etoh_rep2 het-etoh_rep3 het-etoh_rep4
## ENSMUSG00000067719.5 Gm10221         4.291842      4.291842      4.291842
## ENSMUSG00000084416.3 Rpl10a-ps1      4.291842      4.291842      4.291842
## ENSMUSG00000105008.1 Gm43652         5.766694      5.804322      6.029596
## ENSMUSG00000040488.18 Ltbp4          9.411131      9.319976      9.077320
## ENSMUSG00000092746.2 Rn7s6           6.148964      6.329636      6.250256
## ENSMUSG00000108845.1 Gm45090         9.009366      8.563352      9.101850
## ENSMUSG00000005547.14 Cyp2a5        10.175305     10.273493     10.380901
## ENSMUSG00000001751.9 Naglu           8.623640      8.690610      8.720596
## ENSMUSG00000078624.4 Olfr613         6.253589      5.804322      6.522535
## ENSMUSG00000103234.1 Gm37158         7.219237      7.488654      7.254206
##                                 het-etoh_rep5 het-h20_rep1 het-h20_rep2
## ENSMUSG00000067719.5 Gm10221         4.291842     6.304675     6.727657
## ENSMUSG00000084416.3 Rpl10a-ps1      4.291842     4.291842     4.291842
## ENSMUSG00000105008.1 Gm43652         5.680074     6.652323     6.877018
## ENSMUSG00000040488.18 Ltbp4          9.399618     8.467532     8.602581
## ENSMUSG00000092746.2 Rn7s6           5.648906     4.988674     5.105822
## ENSMUSG00000108845.1 Gm45090         8.821119     9.553660    10.701437
## ENSMUSG00000005547.14 Cyp2a5        10.256161     9.594254     8.398097
## ENSMUSG00000001751.9 Naglu           8.479648     8.232063     7.950126
## ENSMUSG00000078624.4 Olfr613         5.876523     6.983337     7.461476
## ENSMUSG00000103234.1 Gm37158         7.563164     7.905581     9.267647
##                                 het-h20_rep3 het-h20_rep4 het-h20_rep5
## ENSMUSG00000067719.5 Gm10221        6.676887     6.788838     7.122745
## ENSMUSG00000084416.3 Rpl10a-ps1     4.291842     7.678951     8.006578
## ENSMUSG00000105008.1 Gm43652        6.940505     7.055511     7.038165
## ENSMUSG00000040488.18 Ltbp4         8.710171     8.754335     8.532484
## ENSMUSG00000092746.2 Rn7s6          5.155489     4.936402     5.461535
## ENSMUSG00000108845.1 Gm45090       10.404100     9.565147    10.384122
## ENSMUSG00000005547.14 Cyp2a5        8.620022     9.250278     9.190621
## ENSMUSG00000001751.9 Naglu          7.997301     8.092602     8.049758
## ENSMUSG00000078624.4 Olfr613        7.179917     7.105993     6.993850
## ENSMUSG00000103234.1 Gm37158        8.659352     8.204273     8.769773

de4 <- dge

sig <- subset(dge,padj<0.05)
sig_up <- rownames(subset(sig,log2FoldChange>0))
sig_dn <- rownames(subset(sig,log2FoldChange<0))
cnt_deg <- nrow(sig)
cnt_up <-length(sig_up)
cnt_dn <- length(sig_dn)


#MDS PLOT
plot(cmdscale(dist(t(x1))), xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", type = "n")
text(cmdscale(dist(t(x1))), labels=colnames(x1), )

# ma plot
HEADING=paste(NAME, cnt_deg, "DGEs", cnt_up, "up", cnt_dn, "dn")
plot(log2(dge$baseMean),dge$log2FoldChange,main=HEADING,col="gray",pch=19,cex=0.5,xlab="log2(base mean)",ylab="log2(fold change)")
points(log2(sig$baseMean),sig$log2FoldChange,col="red",pch=19,cex=0.5)

# heatmap
if (cnt_deg>50) {cnt_deg=50}
if (cnt_deg>2) {
  mycols <- gsub("h20","yellow",ss1$trt)
  mycols <- gsub("etoh","orange",mycols)
  colfunc <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))
  x1 <- x1/colSums(x1)*1e6
  mx <- as.matrix(x1[which(rownames(x1) %in% rownames(dge)[seq_len(cnt_deg)]),])
  heatmap.2(mx,trace="none",scale="row",margin=c(10,15),
    ColSideColors =mycols , col=colfunc(25),cexRow = 0.7 )
}

Contrast 5 test for H2O vs mitoQ in Het mice

NAME="DE5: H2O vs mitoQ in het mice"
ss1 <- subset(ss,geno==1)
ss1 <- subset(ss1,trt=="h20" | trt=="mitoQ")
ss1$trt <- factor(ss1$trt,levels=c("h20","mitoQ"))

x1 <- as.data.frame(xx[,ss1[,1]  ])
x1 <- x1[which(rowSums(x1)>10),]

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = x1 , colData = ss1, design = ~ trt )

## converting counts to integer mode

res <- DESeq(dds)

## estimating size factors

## estimating dispersions

## gene-wise dispersion estimates

## mean-dispersion relationship

## final dispersion estimates

## fitting model and testing

z<- results(res)
vsd <- vst(dds, blind=FALSE)
zz<-cbind(as.data.frame(z),assay(vsd))
dge<-as.data.frame(zz[order(zz$pvalue),])
head(dge,10)

##                                 baseMean log2FoldChange     lfcSE      stat
## ENSMUSG00000030098.15 Grip2   761.749620     -1.3265915 0.2828012 -4.690898
## ENSMUSG00000113337.1 Gm19220 7720.275794     -1.4459432 0.3145616 -4.596694
## ENSMUSG00000096921.1 Gm26822 4989.073701     -1.3808766 0.3293234 -4.193071
## ENSMUSG00000099702.1 Gm29013   36.236801     -3.9445670 1.0201706 -3.866576
## ENSMUSG00000100220.1 Gm29331    3.653794     -4.8377684 1.2930733 -3.741295
## ENSMUSG00000091478.2 Gm10039   41.636920     -8.9950158 2.4704677 -3.641017
## ENSMUSG00000100505.1 Gm13283    2.210718     -4.1150196 1.1673333 -3.525145
## ENSMUSG00000090145.7 Ugt1a6b  218.233035      0.5821486 0.1697593  3.429260
## ENSMUSG00000082277.2 Gm15807    6.062056     -2.6554457 0.7764038 -3.420186
## ENSMUSG00000022550.18 Adck5   226.762105     -0.6359667 0.1937393 -3.282590
##                                    pvalue      padj het-h20_rep1 het-h20_rep2
## ENSMUSG00000030098.15 Grip2  2.720086e-06 0.0588392     9.332842    10.685621
## ENSMUSG00000113337.1 Gm19220 4.292482e-06 0.0588392    12.674355    14.150500
## ENSMUSG00000096921.1 Gm26822 2.752034e-05 0.2514901    11.977544    13.580317
## ENSMUSG00000099702.1 Gm29013 1.103741e-04 0.7564765     4.550213     6.458946
## ENSMUSG00000100220.1 Gm29331 1.830747e-04 0.9999516     4.377601     4.731746
## ENSMUSG00000091478.2 Gm10039 2.715628e-04 0.9999516     4.817084     7.639023
## ENSMUSG00000100505.1 Gm13283 4.232506e-04 0.9999516     4.377601     4.320970
## ENSMUSG00000090145.7 Ugt1a6b 6.052300e-04 0.9999516     7.798346     7.314076
## ENSMUSG00000082277.2 Gm15807 6.257827e-04 0.9999516     4.273333     5.169496
## ENSMUSG00000022550.18 Adck5  1.028583e-03 0.9999516     8.087868     8.699748
##                              het-h20_rep3 het-h20_rep4 het-h20_rep5
## ENSMUSG00000030098.15 Grip2      9.767524     9.551973    10.691847
## ENSMUSG00000113337.1 Gm19220    13.001414    12.527245    14.117246
## ENSMUSG00000096921.1 Gm26822    12.335252    11.853806    13.427948
## ENSMUSG00000099702.1 Gm29013     7.202447     4.814845     7.310734
## ENSMUSG00000100220.1 Gm29331     4.995422     3.583476     4.943567
## ENSMUSG00000091478.2 Gm10039     4.359294     3.583476     7.970577
## ENSMUSG00000100505.1 Gm13283     4.135325     4.632770     4.562333
## ENSMUSG00000090145.7 Ugt1a6b     7.959327     7.444762     7.506305
## ENSMUSG00000082277.2 Gm15807     5.207641     4.333429     5.044335
## ENSMUSG00000022550.18 Adck5      7.724489     8.323568     8.127005
##                              het-mitoQ_rep1 het-mitoQ_rep2 het-mitoQ_rep3
## ENSMUSG00000030098.15 Grip2        8.969696       8.743185       9.009296
## ENSMUSG00000113337.1 Gm19220      12.043976      11.962549      12.241001
## ENSMUSG00000096921.1 Gm26822      11.621658      11.407126      11.480622
## ENSMUSG00000099702.1 Gm29013       3.583476       4.181909       4.698800
## ENSMUSG00000100220.1 Gm29331       3.583476       3.583476       3.583476
## ENSMUSG00000091478.2 Gm10039       3.583476       3.583476       3.583476
## ENSMUSG00000100505.1 Gm13283       3.583476       4.008138       3.583476
## ENSMUSG00000090145.7 Ugt1a6b       7.999926       8.247346       8.046277
## ENSMUSG00000082277.2 Gm15807       4.137401       4.313845       4.092139
## ENSMUSG00000022550.18 Adck5        7.665793       7.484242       7.739950
##                              het-mitoQ_rep4 het-mitoQ_rep5
## ENSMUSG00000030098.15 Grip2        8.941155       8.451066
## ENSMUSG00000113337.1 Gm19220      12.096097      11.736906
## ENSMUSG00000096921.1 Gm26822      11.639441      10.997517
## ENSMUSG00000099702.1 Gm29013       4.645349       4.541707
## ENSMUSG00000100220.1 Gm29331       3.583476       3.980647
## ENSMUSG00000091478.2 Gm10039       3.583476       3.583476
## ENSMUSG00000100505.1 Gm13283       3.583476       3.583476
## ENSMUSG00000090145.7 Ugt1a6b       8.313614       8.163844
## ENSMUSG00000082277.2 Gm15807       3.583476       4.143415
## ENSMUSG00000022550.18 Adck5        7.720723       7.608252

de5 <- dge

sig <- subset(dge,padj<0.05)
sig_up <- rownames(subset(sig,log2FoldChange>0))
sig_dn <- rownames(subset(sig,log2FoldChange<0))
cnt_deg <- nrow(sig)
cnt_up <-length(sig_up)
cnt_dn <- length(sig_dn)


#MDS PLOT
plot(cmdscale(dist(t(x1))), xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", type = "n")
text(cmdscale(dist(t(x1))), labels=colnames(x1), )

# ma plot
HEADING=paste(NAME, cnt_deg, "DGEs", cnt_up, "up", cnt_dn, "dn")
plot(log2(dge$baseMean),dge$log2FoldChange,main=HEADING,col="gray",pch=19,cex=0.5,xlab="log2(base mean)",ylab="log2(fold change)")
points(log2(sig$baseMean),sig$log2FoldChange,col="red",pch=19,cex=0.5)

# heatmap
if (cnt_deg>50) {cnt_deg=50}
if (cnt_deg>2) {
  mycols <- gsub("h20","yellow",ss1$trt)
  mycols <- gsub("mitoQ","orange",mycols)
  colfunc <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))
  x1 <- x1/colSums(x1)*1e6
  mx <- as.matrix(x1[which(rownames(x1) %in% rownames(dge)[seq_len(cnt_deg)]),])
  heatmap.2(mx,trace="none",scale="row",margin=c(10,15),
    ColSideColors =mycols , col=colfunc(25),cexRow = 0.7 )
}

contrast 6 test for EtOH vs MitoG in Het mice

NAME="DE6: EtOH vs mitoG in het mice"
ss1 <- subset(ss,geno==1)
ss1 <- subset(ss1,trt=="etoh" | trt=="mitoG")
ss1$trt <- factor(ss1$trt,levels=c("etoh","mitoG"))

x1 <- as.data.frame(xx[,ss1[,1]  ])
x1 <- x1[which(rowSums(x1)>10),]

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = x1 , colData = ss1, design = ~ trt )

## converting counts to integer mode

res <- DESeq(dds)

## estimating size factors

## estimating dispersions

## gene-wise dispersion estimates

## mean-dispersion relationship

## final dispersion estimates

## fitting model and testing

z<- results(res)
vsd <- vst(dds, blind=FALSE)
zz<-cbind(as.data.frame(z),assay(vsd))
dge<-as.data.frame(zz[order(zz$pvalue),])
head(dge,10)

##                                   baseMean log2FoldChange      lfcSE      stat
## ENSMUSG00000098650.1 Commd1b     267.70771      1.1079121 0.13241156  8.367185
## ENSMUSG00000046721.11 Rpl14-ps1  354.46706      1.3150543 0.15831213  8.306719
## ENSMUSG00000106831.1 Ube2n-ps1   178.11762      0.9585781 0.14314543  6.696533
## ENSMUSG00000105008.1 Gm43652      71.60135      1.9709904 0.30531181  6.455664
## ENSMUSG00000100039.1 Gm28959      88.22869      1.8628433 0.28894330  6.447090
## ENSMUSG00000095597.2 Rps7-ps3   1589.41060      0.8893713 0.13867443  6.413377
## ENSMUSG00000109628.1 BC024386    543.63385     -0.5971045 0.09410074 -6.345376
## ENSMUSG00000014226.10 Cacybp     325.20674      0.5543013 0.08740455  6.341790
## ENSMUSG00000038453.17 Srcin1     317.81660     -0.7708088 0.12419611 -6.206384
## ENSMUSG00000058355.8 Abce1      1015.52920      0.4314618 0.07004468  6.159808
##                                       pvalue         padj het-etoh_rep1
## ENSMUSG00000098650.1 Commd1b    5.901092e-17 7.844718e-13      7.703762
## ENSMUSG00000046721.11 Rpl14-ps1 9.838488e-17 7.844718e-13      8.067463
## ENSMUSG00000106831.1 Ube2n-ps1  2.134215e-11 1.134478e-07      7.554007
## ENSMUSG00000105008.1 Gm43652    1.077455e-10 3.636501e-07      6.436985
## ENSMUSG00000100039.1 Gm28959    1.140183e-10 3.636501e-07      6.130492
## ENSMUSG00000095597.2 Rps7-ps3   1.423314e-10 3.782931e-07     10.202012
## ENSMUSG00000109628.1 BC024386   2.218830e-10 4.527166e-07      9.478908
## ENSMUSG00000014226.10 Cacybp    2.271106e-10 4.527166e-07      8.275090
## ENSMUSG00000038453.17 Srcin1    5.421746e-10 9.606732e-07      8.729970
## ENSMUSG00000058355.8 Abce1      7.283302e-10 1.161468e-06      9.919946
##                                 het-etoh_rep2 het-etoh_rep3 het-etoh_rep4
## ENSMUSG00000098650.1 Commd1b         7.720607      7.990228      7.622504
## ENSMUSG00000046721.11 Rpl14-ps1      7.954108      7.848861      7.644398
## ENSMUSG00000106831.1 Ube2n-ps1       7.246453      7.322351      7.236973
## ENSMUSG00000105008.1 Gm43652         6.004150      6.047864      6.251148
## ENSMUSG00000100039.1 Gm28959         6.593772      6.608078      6.297723
## ENSMUSG00000095597.2 Rps7-ps3       10.204650     10.433283      9.933910
## ENSMUSG00000109628.1 BC024386        9.445535      9.410706      9.433056
## ENSMUSG00000014226.10 Cacybp         8.279084      8.172961      8.314369
## ENSMUSG00000038453.17 Srcin1         8.810995      8.740785      8.897162
## ENSMUSG00000058355.8 Abce1           9.840770      9.673977      9.889508
##                                 het-etoh_rep5 het-mitoG_rep1 het-mitoG_rep2
## ENSMUSG00000098650.1 Commd1b         7.794083       8.852216       8.475878
## ENSMUSG00000046721.11 Rpl14-ps1      8.296395       8.807020       9.034977
## ENSMUSG00000106831.1 Ube2n-ps1       7.586960       7.917708       8.221437
## ENSMUSG00000105008.1 Gm43652         5.934338       7.533892       6.676333
## ENSMUSG00000100039.1 Gm28959         5.988750       7.651004       7.069042
## ENSMUSG00000095597.2 Rps7-ps3       10.114712      11.013692      10.770739
## ENSMUSG00000109628.1 BC024386        9.531910       9.115663       8.821433
## ENSMUSG00000014226.10 Cacybp         8.396306       8.732412       8.739425
## ENSMUSG00000038453.17 Srcin1         8.894258       8.281180       8.024099
## ENSMUSG00000058355.8 Abce1           9.849543      10.202288      10.232967
##                                 het-mitoG_rep3 het-mitoG_rep4 het-mitoG_rep5
## ENSMUSG00000098650.1 Commd1b          8.745145       8.513350       8.857919
## ENSMUSG00000046721.11 Rpl14-ps1       9.240105       9.303746       9.155907
## ENSMUSG00000106831.1 Ube2n-ps1        8.065114       8.244722       8.279869
## ENSMUSG00000105008.1 Gm43652          7.228975       7.160301       7.826388
## ENSMUSG00000100039.1 Gm28959          7.274141       8.056547       7.445930
## ENSMUSG00000095597.2 Rps7-ps3        10.995157      10.931813      11.434905
## ENSMUSG00000109628.1 BC024386         8.726256       8.999676       8.891490
## ENSMUSG00000014226.10 Cacybp          8.836025       8.847728       8.696280
## ENSMUSG00000038453.17 Srcin1          8.129156       8.400723       7.852443
## ENSMUSG00000058355.8 Abce1           10.240257      10.330424      10.243448

de6 <- dge

sig <- subset(dge,padj<0.05)
sig_up <- rownames(subset(sig,log2FoldChange>0))
sig_dn <- rownames(subset(sig,log2FoldChange<0))
cnt_deg <- nrow(sig)
cnt_up <-length(sig_up)
cnt_dn <- length(sig_dn)

#MDS PLOT
plot(cmdscale(dist(t(x1))), xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", type = "n")
text(cmdscale(dist(t(x1))), labels=colnames(x1), )

# ma plot
HEADING=paste(NAME, cnt_deg, "DGEs", cnt_up, "up", cnt_dn, "dn")
plot(log2(dge$baseMean),dge$log2FoldChange,main=HEADING,col="gray",pch=19,cex=0.5,xlab="log2(base mean)",ylab="log2(fold change)")
points(log2(sig$baseMean),sig$log2FoldChange,col="red",pch=19,cex=0.5)

# heatmap
if (cnt_deg>50) {cnt_deg=50}
if (cnt_deg>2) {
  mycols <- gsub("etoh","yellow",ss1$trt)
  mycols <- gsub("mitoG","orange",mycols)
  colfunc <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))
  x1 <- x1/colSums(x1)*1e6
  mx <- as.matrix(x1[which(rownames(x1) %in% rownames(dge)[seq_len(cnt_deg)]),])
  heatmap.2(mx,trace="none",scale="row",margin=c(10,15),
    ColSideColors =mycols , col=colfunc(25),cexRow = 0.7 )
}

Contrast 7 test for WT v HET in H2O

NAME="DE7: wt vs het mice (H2O group)"
ss1 <- subset(ss,trt=="h2o" | trt=="h20")

x1 <- as.data.frame(xx[,ss1[,1]  ])
x1 <- x1[which(rowSums(x1)>10),]

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = x1 , colData = ss1, design = ~ geno )

## converting counts to integer mode

res <- DESeq(dds)

## estimating size factors

## estimating dispersions

## gene-wise dispersion estimates

## mean-dispersion relationship

## final dispersion estimates

## fitting model and testing

z<- results(res)
vsd <- vst(dds, blind=FALSE)
zz<-cbind(as.data.frame(z),assay(vsd))
dge<-as.data.frame(zz[order(zz$pvalue),])
head(dge,10)

##                                  baseMean log2FoldChange     lfcSE       stat
## ENSMUSG00000057074.6 Ces1g      125.55315      -4.177726 0.3423349 -12.203621
## ENSMUSG00000104375.1 Gm6300     146.74176      -6.793450 0.5678487 -11.963486
## ENSMUSG00000028713.17 Cyp4b1  21929.09497      -1.965693 0.1893338 -10.382158
## ENSMUSG00000015568.16 Lpl      3334.55280      -2.346817 0.2348416  -9.993190
## ENSMUSG00000026866.16 Kynu      296.40643       2.882335 0.3376243   8.537108
## ENSMUSG00000074934.3 Grem1       49.94211       5.829915 0.6843487   8.518924
## ENSMUSG00000104887.1 Gm43158     27.16231      -3.226635 0.3850374  -8.380056
## ENSMUSG00000112523.1 Gm48377    308.55164      -2.269466 0.2726805  -8.322801
## ENSMUSG00000037053.6 Azgp1      611.58881      -1.991545 0.2452946  -8.118992
## ENSMUSG00000070695.4 Cntnap5a    54.30411      -3.657147 0.4616976  -7.921088
##                                     pvalue         padj het-h20_rep1
## ENSMUSG00000057074.6 Ces1g    2.973014e-34 6.543306e-30     5.113781
## ENSMUSG00000104375.1 Gm6300   5.519497e-33 6.073930e-29     4.083030
## ENSMUSG00000028713.17 Cyp4b1  2.989413e-25 2.193133e-21    13.167935
## ENSMUSG00000015568.16 Lpl     1.632428e-23 8.982026e-20    10.268106
## ENSMUSG00000026866.16 Kynu    1.376227e-17 5.907326e-14     9.360642
## ENSMUSG00000074934.3 Grem1    1.610430e-17 5.907326e-14     6.358580
## ENSMUSG00000104887.1 Gm43158  5.290231e-17 1.663324e-13     4.547637
## ENSMUSG00000112523.1 Gm48377  8.590884e-17 2.363460e-13     7.027012
## ENSMUSG00000037053.6 Azgp1    4.700712e-16 1.149533e-12     8.099213
## ENSMUSG00000070695.4 Cntnap5a 2.354418e-15 5.181839e-12     4.474993
##                               het-h20_rep2 het-h20_rep3 het-h20_rep4
## ENSMUSG00000057074.6 Ces1g        5.280325     4.654796     4.984011
## ENSMUSG00000104375.1 Gm6300       4.044758     4.290942     4.263183
## ENSMUSG00000028713.17 Cyp4b1     13.100535    13.440311    12.811553
## ENSMUSG00000015568.16 Lpl         9.649011    10.572345     9.951705
## ENSMUSG00000026866.16 Kynu        8.757156     8.035265     9.682414
## ENSMUSG00000074934.3 Grem1        6.095097     6.562809     6.562235
## ENSMUSG00000104887.1 Gm43158      4.410799     4.527576     4.504819
## ENSMUSG00000112523.1 Gm48377      6.685473     7.577199     6.524123
## ENSMUSG00000037053.6 Azgp1        8.199440     8.500974     7.568462
## ENSMUSG00000070695.4 Cntnap5a     5.011711     5.044046     4.393492
##                               het-h20_rep5 wt-h2o_rep1 wt-h2o_rep2 wt-h2o_rep3
## ENSMUSG00000057074.6 Ces1g        4.961542    7.697865    8.318948    7.313804
## ENSMUSG00000104375.1 Gm6300       4.318221    8.835563    7.006512    7.809577
## ENSMUSG00000028713.17 Cyp4b1     13.057046   15.376346   15.040481   14.545707
## ENSMUSG00000015568.16 Lpl        10.024379   12.470194   12.206107   12.027468
## ENSMUSG00000026866.16 Kynu        9.104827    6.449021    6.927900    6.003060
## ENSMUSG00000074934.3 Grem1        8.022852    4.373681    3.532499    4.166020
## ENSMUSG00000104887.1 Gm43158      4.318221    5.915986    5.791090    6.136831
## ENSMUSG00000112523.1 Gm48377      6.934384    8.990017    9.200311    8.756483
## ENSMUSG00000037053.6 Azgp1        7.789860   10.345126    9.497187    9.752688
## ENSMUSG00000070695.4 Cntnap5a     4.318221    7.357170    5.901486    7.257592
##                               wt-h2o_rep4 wt-h2o_rep5
## ENSMUSG00000057074.6 Ces1g       7.938539    8.531822
## ENSMUSG00000104375.1 Gm6300      7.878784    9.028551
## ENSMUSG00000028713.17 Cyp4b1    15.064140   15.298485
## ENSMUSG00000015568.16 Lpl       12.349719   13.000059
## ENSMUSG00000026866.16 Kynu       6.234046    6.822334
## ENSMUSG00000074934.3 Grem1       4.035098    3.938242
## ENSMUSG00000104887.1 Gm43158     6.440598    6.312899
## ENSMUSG00000112523.1 Gm48377     9.527388    8.659039
## ENSMUSG00000037053.6 Azgp1       9.785755   10.268692
## ENSMUSG00000070695.4 Cntnap5a    7.052984    6.685333

de7 <- dge

sig <- subset(dge,padj<0.05)
sig_up <- rownames(subset(sig,log2FoldChange>0))
sig_dn <- rownames(subset(sig,log2FoldChange<0))
cnt_deg <- nrow(sig)
cnt_up <-length(sig_up)
cnt_dn <- length(sig_dn)

#MDS PLOT
plot(cmdscale(dist(t(x1))), xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", type = "n")
text(cmdscale(dist(t(x1))), labels=colnames(x1), )

# ma plot
HEADING=paste(NAME, cnt_deg, "DGEs", cnt_up, "up", cnt_dn, "dn")
plot(log2(dge$baseMean),dge$log2FoldChange,main=HEADING,col="gray",pch=19,cex=0.5,xlab="log2(base mean)",ylab="log2(fold change)")
points(log2(sig$baseMean),sig$log2FoldChange,col="red",pch=19,cex=0.5)

# heatmap
if (cnt_deg>50) {cnt_deg=50}
if (cnt_deg>2) {
  mycols <- gsub("0","yellow",ss1$geno)
  mycols <- gsub("1","orange",mycols)
  colfunc <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))
  x1 <- x1/colSums(x1)*1e6
  mx <- as.matrix(x1[which(rownames(x1) %in% rownames(dge)[seq_len(cnt_deg)]),])
  heatmap.2(mx,trace="none",scale="row",margin=c(10,15),
    ColSideColors =mycols , col=colfunc(25),cexRow = 0.7 )
}

Contrast 8 test for WT v HET in EtOH

NAME="DE8: wt vs het mice (EtOH group)"
ss1 <- subset(ss,trt=="etoh")

x1 <- as.data.frame(xx[,ss1[,1]  ])
x1 <- x1[which(rowSums(x1)>10),]

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = x1 , colData = ss1, design = ~ geno )

## converting counts to integer mode

res <- DESeq(dds)

## estimating size factors

## estimating dispersions

## gene-wise dispersion estimates

## mean-dispersion relationship

## final dispersion estimates

## fitting model and testing

z<- results(res)
vsd <- vst(dds, blind=FALSE)
zz<-cbind(as.data.frame(z),assay(vsd))
dge<-as.data.frame(zz[order(zz$pvalue),])
head(dge,10)

##                                   baseMean log2FoldChange      lfcSE      stat
## ENSMUSG00000029311.16 Hsd17b11   2396.6635      -1.318651 0.06469490 -20.38261
## ENSMUSG00000015568.16 Lpl        5325.9308      -2.100315 0.10621981 -19.77329
## ENSMUSG00000041698.11 Slco1a1    3544.1605      -3.150029 0.15941375 -19.76008
## ENSMUSG00000022587.14 Ly6e       2549.2412      -1.619471 0.08475091 -19.10859
## ENSMUSG00000104375.1 Gm6300       201.2459      -6.202408 0.32520122 -19.07252
## ENSMUSG00000026866.16 Kynu        424.0182       2.560576 0.14754052  17.35507
## ENSMUSG00000028713.17 Cyp4b1    35126.2921      -1.443313 0.09009393 -16.02009
## ENSMUSG00000037852.8 Cpe          481.5793      -2.148633 0.13562569 -15.84237
## ENSMUSG00000032758.4 Kap       113220.4706      -1.877651 0.13902736 -13.50563
## ENSMUSG00000032788.15 Pdxk       2614.2853       1.253222 0.09383936  13.35497
##                                      pvalue         padj het-etoh_rep1
## ENSMUSG00000029311.16 Hsd17b11 2.385827e-92 4.292104e-88     10.660419
## ENSMUSG00000015568.16 Lpl      5.057033e-87 3.939456e-83     10.998240
## ENSMUSG00000041698.11 Slco1a1  6.569409e-87 3.939456e-83      9.999023
## ENSMUSG00000022587.14 Ly6e     2.141706e-81 9.632323e-78     10.331088
## ENSMUSG00000104375.1 Gm6300    4.271785e-81 1.536988e-77      6.726414
## ENSMUSG00000026866.16 Kynu     1.805813e-67 5.414428e-64      9.903661
## ENSMUSG00000028713.17 Cyp4b1   9.250931e-58 2.377489e-54     14.280888
## ENSMUSG00000037852.8 Cpe       1.587206e-56 3.569229e-53      8.350433
## ENSMUSG00000032758.4 Kap       1.448784e-41 2.895959e-38     15.671037
## ENSMUSG00000032788.15 Pdxk     1.107984e-40 1.993263e-37     11.926583
##                                het-etoh_rep2 het-etoh_rep3 het-etoh_rep4
## ENSMUSG00000029311.16 Hsd17b11     10.668444     10.530088     10.561346
## ENSMUSG00000015568.16 Lpl          11.086336     11.096193     11.152998
## ENSMUSG00000041698.11 Slco1a1       9.814325      9.511358      9.620657
## ENSMUSG00000022587.14 Ly6e         10.475646     10.608631     10.445890
## ENSMUSG00000104375.1 Gm6300         6.844954      6.781787      6.918072
## ENSMUSG00000026866.16 Kynu          9.599232     10.022691      9.689053
## ENSMUSG00000028713.17 Cyp4b1       14.040603     14.035978     14.408959
## ENSMUSG00000037852.8 Cpe            8.479278      8.455489      8.203092
## ENSMUSG00000032758.4 Kap           15.241606     15.259547     15.736016
## ENSMUSG00000032788.15 Pdxk         11.740668     12.015563     12.081845
##                                het-etoh_rep5 wt-etoh_rep1 wt-etoh_rep2
## ENSMUSG00000029311.16 Hsd17b11     10.534967    11.897894    11.894088
## ENSMUSG00000015568.16 Lpl          11.140028    13.409552    13.068750
## ENSMUSG00000041698.11 Slco1a1       9.953106    12.937518    12.826337
## ENSMUSG00000022587.14 Ly6e         10.509877    12.058569    12.113629
## ENSMUSG00000104375.1 Gm6300         6.835914     9.305635     9.044985
## ENSMUSG00000026866.16 Kynu          9.774894     7.924716     8.280494
## ENSMUSG00000028713.17 Cyp4b1       14.288778    15.819004    15.672721
## ENSMUSG00000037852.8 Cpe            8.367743     9.911147     9.524095
## ENSMUSG00000032758.4 Kap           15.832759    17.670354    17.346029
## ENSMUSG00000032788.15 Pdxk         11.777769    10.613188    10.727182
##                                wt-etoh_rep3 wt-etoh_rep4 wt-etoh_rep5
## ENSMUSG00000029311.16 Hsd17b11    11.725496    11.724565    11.813552
## ENSMUSG00000015568.16 Lpl         12.815206    13.250290    12.901467
## ENSMUSG00000041698.11 Slco1a1     12.229265    12.271017    12.945392
## ENSMUSG00000022587.14 Ly6e        11.836810    11.799599    12.032616
## ENSMUSG00000104375.1 Gm6300        8.731269     9.372798     9.117333
## ENSMUSG00000026866.16 Kynu         8.227255     7.917557     8.012019
## ENSMUSG00000028713.17 Cyp4b1      15.696750    15.577025    15.479290
## ENSMUSG00000037852.8 Cpe          10.112823     9.998112     9.886599
## ENSMUSG00000032758.4 Kap          17.557713    17.550798    16.996677
## ENSMUSG00000032788.15 Pdxk        10.971106    10.687465    10.706701

de8 <- dge

sig <- subset(dge,padj<0.05)
sig_up <- rownames(subset(sig,log2FoldChange>0))
sig_dn <- rownames(subset(sig,log2FoldChange<0))
cnt_deg <- nrow(sig)
cnt_up <-length(sig_up)
cnt_dn <- length(sig_dn)

#MDS PLOT
plot(cmdscale(dist(t(x1))), xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", type = "n")
text(cmdscale(dist(t(x1))), labels=colnames(x1), )

# ma plot
HEADING=paste(NAME, cnt_deg, "DGEs", cnt_up, "up", cnt_dn, "dn")
plot(log2(dge$baseMean),dge$log2FoldChange,main=HEADING,col="gray",pch=19,cex=0.5,xlab="log2(base mean)",ylab="log2(fold change)")
points(log2(sig$baseMean),sig$log2FoldChange,col="red",pch=19,cex=0.5)

# heatmap
if (cnt_deg>50) {cnt_deg=50}
if (cnt_deg>2) {
  mycols <- gsub("0","yellow",ss1$geno)
  mycols <- gsub("1","orange",mycols)
  colfunc <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))
  x1 <- x1/colSums(x1)*1e6
  mx <- as.matrix(x1[which(rownames(x1) %in% rownames(dge)[seq_len(cnt_deg)]),])
  heatmap.2(mx,trace="none",scale="row",margin=c(10,15),
    ColSideColors =mycols , col=colfunc(25) ,cexRow = 0.7   )
}

MitoG Venn diagrams

To determine whether mitoG attenuates diabetes we can overlap the DGEs found in these contrasts. Diabetes is measured in contrast 8 and mitoG in contrast 6.

de6_up <- rownames(subset(de6,padj<0.05 & log2FoldChange>0))
de6_dn <- rownames(subset(de6,padj<0.05 & log2FoldChange<0))
de8_dn <- rownames(subset(de8,padj<0.05 & log2FoldChange<0))
de8_up <- rownames(subset(de8,padj<0.05 & log2FoldChange>0))

v1 <- list("mitoG up"= de6_up, 
          "mitoG dn"= de6_dn,
      "diabetes up"= de8_up,
          "dibetes dn"= de8_dn)

plot(euler(v1),quantities = TRUE)

Custom heatmap

mygenes <- unique(c(rownames(de6)[1:50],rownames(de8)[1:50]))

length(mygenes)

## [1] 100

ss1 <- subset(ss,trt=="etoh"|trt=="mitoG")
ss1$grp <- sapply(strsplit(ss1[,1],'_'),"[[",1)
mycols <- gsub("wt-etoh","blue",ss1$grp)
mycols <- gsub("het-etoh","red",mycols)
mycols <- gsub("het-mitoG","orange",mycols)
mycols <- gsub("wt-mitoG","green",mycols)

xxx <- xx/colSums(xx)*1e6
xxx <- xxx[,which(colnames(xxx) %in% ss1[,1])]
mx <- as.matrix(xxx[which(rownames(xxx) %in% mygenes),])

colfunc <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))

heatmap.2(mx,trace="none",scale="row",margin=c(10,15),
    ColSideColors =mycols , col=colfunc(25) ,cexRow = 0.5  )

mx <- mx[,grep("wt-mitoG",colnames(mx),invert=TRUE)]
ss1 <- ss1[grep("wt-mitoG",ss1[,1],invert=TRUE),]
mycols <- gsub("wt-etoh","blue",ss1$grp)
mycols <- gsub("het-etoh","red",mycols)
mycols <- gsub("het-mitoG","orange",mycols)

heatmap.2(mx,trace="none",scale="row",margin=c(10,15),
    ColSideColors =mycols , col=colfunc(25) ,cexRow = 0.5  )

MitoG Mitch

Orthology file was downloaded from Ensembl Biomart Ensembl version 101.

Reactome sets obteined 8/Oct/2020.

mart <- read.table("mart_export.txt",fill=TRUE,sep="\t",header=TRUE)
gt <-  data.frame(mart$Mouse.gene.stable.ID,mart$Gene.name) 
gt <- gt[which(gt[,1]!=""),]

rownames(de6) <- sapply(strsplit(rownames(de6),"\\."),"[[",1) 
rownames(de8) <- sapply(strsplit(rownames(de8),"\\."),"[[",1) 

#download.file("https://reactome.org/download/current/ReactomePathways.gmt.zip", destfile="ReactomePathways.gmt.zip") 
#unzip("ReactomePathways.gmt.zip")
genesets <- gmt_import("ReactomePathways.gmt")

l <- list("diabetes"=de8,"mitoG"=de6)

m <- mitch_import(l, DEtype="deseq2",geneTable=gt)

## Note: Mean no. genes in input = 26485.5

## Note: no. genes in output = 15635

## Note: estimated proportion of input genes in output = 0.59

# significance
res <- mitch_calc(m,genesets,priority="significance")

## 
  |                                                                                                                     |   0%, ETA NA
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 10:33
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 06:23
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 04:29
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 03:23
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 02:53
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 02:24
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 02:04
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 01:49
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 01:37
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 01:32
  |=                                                                                                                 |   0%, ETA 01:25
  |=                                                                                                                 |   0%, ETA 01:18
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 01:12
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 01:07
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 01:04
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 01:02
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 01:00
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:58
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:55
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:53
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:52
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:50
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:48
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:46
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:44
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:43
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:42
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:41
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:40
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:39
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:38
  |==                                                                                                                |   1%, ETA 00:36
  |==                                                                                                                |   1%, ETA 00:35
  |==                                                                                                                |   1%, ETA 00:34
  |==                                                                                                                |   1%, ETA 00:33
  |==                                                                                                                |   1%, ETA 00:33
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:32
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:32
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:31
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:30
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:30
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:29
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:29
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:29
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:28
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:28
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:27
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:27
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:26
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:26
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:25
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:25
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:24
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:24
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:24
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:23
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:23
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:23
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:22
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:22
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:22
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:22
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:22
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:21
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:21
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:21
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:20
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:20
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:20
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:20
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:20
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:19
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:19
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:19
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:19
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:19
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:19
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:17
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:17
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:17
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:17
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:17
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:17
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:17
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:16
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:16
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:16
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:16
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:16
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:16
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:16
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:14
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:14
  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:14
  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:14
  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:14
  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:14
  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:14
  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:14
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  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:14
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:14
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  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:12
  |======                                                                                                            |   6%, ETA 00:12
  |======                                                                                                            |   6%, ETA 00:12
  |======                                                                                                            |   6%, ETA 00:12
  |======                                                                                                            |   6%, ETA 00:12
  |======                                                                                                            |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:11
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:11
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:11
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:11
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:11
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:11
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:11
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:11
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:11
  |=======                                                                                                           |   7%, ETA 00:11
  |=======                                                                                                           |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:10
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:10
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:10
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:10
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:10
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:10
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:10
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:10
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:10
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:10
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   7%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:09
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:09
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:09
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:09
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:09
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   8%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   8%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   8%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   8%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:08
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:08
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:08
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:08
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:08
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:08
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
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  |=============                                                                                                     |  12%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  12%, ETA 00:08
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  |===============                                                                                                   |  14%, ETA 00:07
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  |================                                                                                                  |  14%, ETA 00:07
  |================                                                                                                  |  14%, ETA 00:07
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  |================                                                                                                  |  14%, ETA 00:07
  |================                                                                                                  |  14%, ETA 00:07
  |================                                                                                                  |  14%, ETA 00:07
  |================                                                                                                  |  14%, ETA 00:07
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  |================                                                                                                  |  14%, ETA 00:07
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  |================                                                                                                  |  14%, ETA 00:07
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  |==================================================================================================================| 100%, ETA 00:00
  |==================================================================================================================| 100%, ETA 00:00
  |==================================================================================================================| 100%, ETA 00:00
  |==================================================================================================================| 100%, ETA 00:00
  |==================================================================================================================| 100%, ETA 00:00
  |==================================================================================================================| 100%, ETA 00:00
  |==================================================================================================================| 100%, ETA 00:00
  |==================================================================================================================| 100%, ETA 00:00
  |==================================================================================================================| 100%, ETA 00:00
  |==================================================================================================================| 100%, ETA 00:00
  |==============================================================================================================| 100%, Elapsed 00:05

## Note: When prioritising by significance (ie: small 
##             p-values), large effect sizes might be missed.

head(res$enrichment_result,20)

##                                          set setSize      pMANOVA   s.diabetes
## 787              Olfactory Signaling Pathway     209 2.090521e-38 -0.215784945
## 541                       Infectious disease     693 4.469883e-24 -0.054778815
## 422            G alpha (s) signalling events     298 1.033892e-23 -0.168268341
## 668                   Metabolism of proteins    1749 2.080639e-21 -0.065760670
## 535                            Immune System    1784 4.991967e-20 -0.063142751
## 552                     Innate Immune System     893 2.850174e-18 -0.069888381
## 1346              Vesicle-mediated transport     622 2.629698e-17 -0.062893938
## 63                    Adaptive Immune System     663 3.431322e-17 -0.141482905
## 295                                  Disease    1333 8.840791e-17 -0.021729317
## 656                        Metabolism of RNA     629 2.030142e-14 -0.093104677
## 514                               Hemostasis     547 1.745654e-13 -0.007042414
## 750               Nervous system development     494 2.152837e-13 -0.019798108
## 106                            Axon guidance     472 1.925202e-12 -0.017142951
## 292                    Developmental Biology     770 5.304493e-12  0.019844750
## 651                     Membrane Trafficking     570 5.558900e-12 -0.064215301
## 398    Fc epsilon receptor (FCERI) signaling     143 6.387637e-12 -0.198067038
## 1178  Signaling by the B Cell Receptor (BCR)     123 8.947436e-12 -0.227437347
## 1392                         rRNA processing     176 9.458118e-12  0.043312516
## 866  Post-translational protein modification    1238 1.159888e-11 -0.068535246
## 1301                             Translation     256 4.925829e-11 -0.087274297
##         s.mitoG   p.diabetes      p.mitoG    s.dist         SD p.adjustMANOVA
## 787  -0.4253938 7.914896e-08 3.025443e-26 0.4769937 0.14821583   2.930910e-35
## 541   0.2321917 1.461608e-02 3.514446e-25 0.2385659 0.20291880   3.133388e-21
## 422  -0.2607411 6.209032e-07 1.090601e-14 0.3103227 0.06538813   4.831723e-21
## 668   0.1377739 7.115284e-06 4.612364e-21 0.1526634 0.14392069   7.292639e-19
## 535   0.1319198 1.368822e-05 9.464933e-20 0.1462527 0.13793007   1.399747e-17
## 552   0.1754776 4.431661e-04 1.049987e-18 0.1888829 0.17349992   6.659907e-16
## 1346  0.2052445 7.759889e-03 3.387828e-18 0.2146648 0.18960252   5.266909e-15
## 63    0.1671763 6.494953e-10 2.843468e-13 0.2190099 0.21825503   6.013392e-15
## 295   0.1417514 1.887921e-01 9.259012e-18 0.1434071 0.11559829   1.377199e-14
## 656   0.1775786 7.403855e-05 3.923813e-14 0.2005059 0.19140196   2.846259e-12
## 514   0.1894446 7.793041e-01 4.520037e-14 0.1895754 0.13893730   2.224916e-11
## 750   0.2001030 4.532713e-01 3.273596e-14 0.2010800 0.15549355   2.515232e-11
## 106   0.1964638 5.252804e-01 3.191914e-13 0.1972103 0.15104280   2.076256e-10
## 292   0.1446885 3.524005e-01 1.159776e-11 0.1460431 0.08827787   5.195718e-10
## 651   0.1750508 9.142964e-03 1.154313e-12 0.1864575 0.16918668   5.195718e-10
## 398   0.3216291 4.419350e-05 3.238687e-11 0.3777246 0.36748068   5.597167e-10
## 1178  0.3365635 1.344832e-05 1.167853e-10 0.4062053 0.39880879   7.366823e-10
## 1392  0.2923929 3.223869e-01 2.309305e-11 0.2955835 0.17612645   7.366823e-10
## 866   0.1122964 6.106511e-05 4.994080e-11 0.1315582 0.12786727   8.558754e-10
## 1301  0.2479774 1.645056e-02 9.092396e-12 0.2628870 0.23705875   3.395579e-09

mitch_plots(res,"mitch_sig.pdf")

## X11cairo 
##        2

unlink("mitch_sig.html")
mitch_report(res,"mitch_sig.html")

## Dataset saved as " /tmp/RtmprFcRo7/mitch_sig.RData ".

## 
## 
## processing file: mitch.Rmd

## 
  |                                                                            
  |                                                                      |   0%
  |                                                                            
  |..                                                                    |   3%
##    inline R code fragments
## 
## 
  |                                                                            
  |....                                                                  |   6%
## label: checklibraries (with options) 
## List of 1
##  $ echo: logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |......                                                                |   9%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |........                                                              |  12%
## label: peek (with options) 
## List of 1
##  $ echo: logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..........                                                            |  15%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |............                                                          |  18%
## label: metrics (with options) 
## List of 1
##  $ echo: logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..............                                                        |  21%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |................                                                      |  24%
## label: scatterplot (with options) 
## List of 5
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 6
##  $ fig.width : num 6.5
##  $ message   : logi FALSE
##  $ warning   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |...................                                                   |  26%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.....................                                                 |  29%
## label: contourplot (with options) 
## List of 5
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 6
##  $ fig.width : num 6.5
##  $ warning   : logi FALSE
##  $ message   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |.......................                                               |  32%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.........................                                             |  35%
## label: input_geneset_metrics1 (with options) 
## List of 2
##  $ results: chr "asis"
##  $ echo   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |...........................                                           |  38%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.............................                                         |  41%
## label: input_geneset_metrics2 (with options) 
## List of 5
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"

## 
  |                                                                            
  |...............................                                       |  44%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.................................                                     |  47%
## label: input_geneset_metrics3 (with options) 
## List of 5
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ message   : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7

## 
  |                                                                            
  |...................................                                   |  50%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.....................................                                 |  53%
## label: echart1d (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |.......................................                               |  56%
## label: echart2d (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |.........................................                             |  59%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |...........................................                           |  62%
## label: heatmap (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 10
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |.............................................                         |  65%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |...............................................                       |  68%
## label: effectsize (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |.................................................                     |  71%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |...................................................                   |  74%
## label: results_table (with options) 
## List of 2
##  $ results: chr "asis"
##  $ echo   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |......................................................                |  76%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |........................................................              |  79%
## label: results_table_complete (with options) 
## List of 2
##  $ results: chr "asis"
##  $ echo   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..........................................................            |  82%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |............................................................          |  85%
## label: detailed_geneset_reports1d (with options) 
## List of 7
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 6
##  $ fig.width : num 6
##  $ out.width : chr "80%"
##  $ comment   : logi NA
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..............................................................        |  88%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |................................................................      |  91%
## label: detailed_geneset_reports2d (with options) 
## List of 7
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 5
##  $ fig.width : num 6
##  $ out.width : chr "80%"
##  $ comment   : logi NA
##  $ message   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |..................................................................    |  94%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |....................................................................  |  97%
## label: session_info (with options) 
## List of 3
##  $ include: logi TRUE
##  $ echo   : logi TRUE
##  $ results: chr "markup"
## 
## 
  |                                                                            
  |......................................................................| 100%
##   ordinary text without R code

## output file: /mnt/bfx4/gavin_higgins/dge/mitch.knit.md

## /usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS /mnt/bfx4/gavin_higgins/dge/mitch.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash --output /tmp/RtmprFcRo7/mitch_report.html --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /usr/local/lib/R/site-library/rmarkdown/rmd/h/default.html --no-highlight --variable highlightjs=1 --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /tmp/RtmprFcRo7/rmarkdown-str27ab8d03e76.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML'

## 
## Output created: /tmp/RtmprFcRo7/mitch_report.html

## [1] TRUE

# effect size
res <- mitch_calc(m,genesets,priority="effect")

## 
  |                                                                                                                     |   0%, ETA NA
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 11:12
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 06:44
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 04:45
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 03:34
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 03:01
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 02:31
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 02:10
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 01:54
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 01:42
  |                                                                                                                  |   0%, ETA 01:36
  |=                                                                                                                 |   0%, ETA 01:30
  |=                                                                                                                 |   0%, ETA 01:23
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 01:16
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 01:11
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 01:07
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 01:05
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 01:02
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 01:01
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:58
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:56
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:55
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:52
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:50
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:49
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:47
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:45
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:44
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:43
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:42
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:40
  |=                                                                                                                 |   1%, ETA 00:39
  |==                                                                                                                |   1%, ETA 00:38
  |==                                                                                                                |   1%, ETA 00:37
  |==                                                                                                                |   1%, ETA 00:36
  |==                                                                                                                |   1%, ETA 00:35
  |==                                                                                                                |   1%, ETA 00:34
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:34
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:33
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:33
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:32
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:31
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:30
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:30
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:30
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:29
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:29
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:29
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:28
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:27
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:27
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:26
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:26
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:26
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:25
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:25
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:24
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:24
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:24
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:24
  |===                                                                                                               |   2%, ETA 00:23
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:23
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:23
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:22
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:22
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:22
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:22
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:21
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:21
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:21
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:21
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:21
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:20
  |===                                                                                                               |   3%, ETA 00:20
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:20
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:20
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:20
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:20
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:19
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:19
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:19
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:19
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:19
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:19
  |====                                                                                                              |   3%, ETA 00:19
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:18
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:17
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:17
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:17
  |====                                                                                                              |   4%, ETA 00:17
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:17
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:17
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:16
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:16
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:16
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:16
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:16
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:16
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:16
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:14
  |=====                                                                                                             |   5%, ETA 00:14
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:14
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:14
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:14
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:14
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:14
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:14
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:14
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:14
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:14
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   5%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   6%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   6%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   6%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   6%, ETA 00:13
  |======                                                                                                            |   6%, ETA 00:13
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:13
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:13
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:12
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:11
  |=======                                                                                                           |   7%, ETA 00:11
  |=======                                                                                                           |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |========                                                                                                          |   7%, ETA 00:11
  |=========                                                                                                         |   7%, ETA 00:11
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |=========                                                                                                         |   8%, ETA 00:10
  |==========                                                                                                        |   8%, ETA 00:10
  |==========                                                                                                        |   8%, ETA 00:10
  |==========                                                                                                        |   8%, ETA 00:10
  |==========                                                                                                        |   8%, ETA 00:10
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:10
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:10
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:10
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |   9%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
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  |===========                                                                                                       |  10%, ETA 00:09
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:09
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:09
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:09
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:09
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  10%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  11%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  12%, ETA 00:08
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  |=============                                                                                                     |  12%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  12%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  12%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  12%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  12%, ETA 00:08
  |=============                                                                                                     |  12%, ETA 00:08
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  |==============                                                                                                    |  12%, ETA 00:08
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  |==============                                                                                                    |  12%, ETA 00:08
  |==============                                                                                                    |  12%, ETA 00:07
  |==============                                                                                                    |  12%, ETA 00:07
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  |==============                                                                                                    |  12%, ETA 00:07
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  |===============                                                                                                   |  13%, ETA 00:07
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  |==============================                                                                                    |  27%, ETA 00:04
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  |===============================                                                                                   |  27%, ETA 00:04
  |===============================                                                                                   |  27%, ETA 00:04
  |===============================                                                                                   |  27%, ETA 00:04
  |===============================                                                                                   |  28%, ETA 00:04
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  |=========================================                                                                         |  36%, ETA 00:03
  |=========================================                                                                         |  36%, ETA 00:03
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  |=====================================================                                                             |  46%, ETA 00:03
  |=====================================================                                                             |  46%, ETA 00:03
  |=====================================================                                                             |  46%, ETA 00:03
  |=====================================================                                                             |  46%, ETA 00:03
  |=====================================================                                                             |  46%, ETA 00:03
  |=====================================================                                                             |  47%, ETA 00:03
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  |========================================================                                                          |  49%, ETA 00:03
  |========================================================                                                          |  50%, ETA 00:03
  |========================================================                                                          |  50%, ETA 00:02
  |=========================================================                                                         |  50%, ETA 00:02
  |=========================================================                                                         |  50%, ETA 00:02
  |=========================================================                                                         |  50%, ETA 00:02
  |=========================================================                                                         |  50%, ETA 00:02
  |=========================================================                                                         |  50%, ETA 00:02
  |=========================================================                                                         |  50%, ETA 00:02
  |=========================================================                                                         |  50%, ETA 00:02
  |=========================================================                                                         |  50%, ETA 00:02
  |=========================================================                                                         |  50%, ETA 00:02
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  |==========================================================                                                        |  51%, ETA 00:02
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  |==================================================================================================================| 100%, ETA 00:00
  |==================================================================================================================| 100%, ETA 00:00
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  |==============================================================================================================| 100%, Elapsed 00:05

## Note: Enrichments with large effect sizes may not be 
##             statistically significant.

head(res$enrichment_result,20)

##                                                                      set
## 401                                         Folding of actin by CCT/TriC
## 362                           Establishment of Sister Chromatid Cohesion
## 205                                       Cohesin Loading onto Chromatin
## 1399                                tRNA processing in the mitochondrion
## 20                           ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes
## 102                                                    Attenuation phase
## 706                                            MyD88 deficiency (TLR2/4)
## 200                    Classical antibody-mediated complement activation
## 416               Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC
## 875                Prefoldin mediated transfer of substrate  to CCT/TriC
## 529                                            IRAK4 deficiency (TLR2/4)
## 238                               Cytosolic iron-sulfur cluster assembly
## 470                                                      Glucuronidation
## 996                               Regulation of TLR by endogenous ligand
## 133                                          CD28 dependent Vav1 pathway
## 226  Cooperation of Prefoldin and TriC/CCT  in actin and tubulin folding
## 1048                       Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization
## 1133                                                  Signaling by Hippo
## 21                                ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones
## 1088                                      Scavenging of heme from plasma
##      setSize      pMANOVA  s.diabetes    s.mitoG   p.diabetes      p.mitoG
## 401       10 3.935443e-05 -0.79073280  0.3885056 1.487110e-05 3.340047e-02
## 362       11 6.107394e-05 -0.48840944  0.6814807 5.034155e-03 9.075062e-05
## 205       10 1.727576e-04 -0.50042880  0.6652160 6.140280e-03 2.696313e-04
## 1399      18 1.735514e-07  0.11593847  0.7088821 3.945352e-01 1.908451e-07
## 20        10 3.037949e-03 -0.56573440  0.3720960 1.949027e-03 4.161255e-02
## 102       22 2.928623e-06 -0.58028275  0.3408436 2.450354e-06 5.654089e-03
## 706       10 3.854599e-03 -0.43243520  0.5106048 1.789370e-02 5.175074e-03
## 200       22 3.073599e-06 -0.17736094  0.6186249 1.499224e-01 5.065342e-07
## 416       20 3.447555e-05 -0.50912584  0.3904899 8.086806e-05 2.502932e-03
## 875       25 3.927186e-06 -0.46664446  0.4296528 5.373501e-05 2.004481e-04
## 529       11 4.391877e-03 -0.37125867  0.5061793 3.301072e-02 3.650111e-03
## 238       13 1.973347e-03  0.50661789 -0.3525748 1.562783e-03 2.774256e-02
## 470       16 6.470293e-04  0.44777995 -0.4126545 1.928998e-03 4.268104e-03
## 996       15 1.369470e-04  0.04637644  0.6031583 7.558546e-01 5.234487e-05
## 133       12 4.163030e-03 -0.33788858  0.4982398 4.271107e-02 2.803697e-03
## 226       27 5.885799e-06 -0.43839342  0.4104021 8.053669e-05 2.234295e-04
## 1048      29 1.703553e-06 -0.24402197  0.5366194 2.296720e-02 5.667680e-07
## 1133      20 1.413596e-04 -0.26640090  0.5198111 3.918988e-02 5.707617e-05
## 21        12 5.535756e-03 -0.49745034  0.3043803 2.847461e-03 6.792077e-02
## 1088      29 6.976314e-07 -0.07347086  0.5691334 4.935931e-01 1.123267e-07
##         s.dist        SD p.adjustMANOVA
## 401  0.8810193 0.8338475   3.245583e-04
## 362  0.8384269 0.8272373   4.684992e-04
## 205  0.8324310 0.8242353   1.132713e-03
## 1399 0.7183004 0.4192744   3.288096e-06
## 20   0.6771343 0.6631462   1.405678e-02
## 102  0.6729803 0.6513347   3.393330e-05
## 706  0.6691169 0.6668300   1.694090e-02
## 200  0.6435477 0.5628470   3.532119e-05
## 416  0.6416319 0.6361244   2.911730e-04
## 875  0.6343174 0.6337779   4.335366e-05
## 529  0.6277344 0.6204423   1.871554e-02
## 238  0.6172282 0.6075410   9.673541e-03
## 470  0.6089258 0.6084190   3.529709e-03
## 996  0.6049386 0.3937043   9.552226e-04
## 133  0.6020063 0.5912320   1.784883e-02
## 226  0.6005153 0.6001890   6.251432e-05
## 1048 0.5894974 0.5519968   2.113612e-05
## 1133 0.5841002 0.5559358   9.715005e-04
## 21   0.5831845 0.5669799   2.204866e-02
## 1088 0.5738561 0.4543899   1.029557e-05

mitch_plots(res,"mitch_eff.pdf")

## X11cairo 
##        2

unlink("mitch_eff.html")
mitch_report(res,"mitch_eff.html")

## Dataset saved as " /tmp/RtmprFcRo7/mitch_eff.RData ".
## 
## 
## processing file: mitch.Rmd

## 
  |                                                                            
  |                                                                      |   0%
  |                                                                            
  |..                                                                    |   3%
##    inline R code fragments
## 
## 
  |                                                                            
  |....                                                                  |   6%
## label: checklibraries (with options) 
## List of 1
##  $ echo: logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |......                                                                |   9%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |........                                                              |  12%
## label: peek (with options) 
## List of 1
##  $ echo: logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..........                                                            |  15%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |............                                                          |  18%
## label: metrics (with options) 
## List of 1
##  $ echo: logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..............                                                        |  21%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |................                                                      |  24%
## label: scatterplot (with options) 
## List of 5
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 6
##  $ fig.width : num 6.5
##  $ message   : logi FALSE
##  $ warning   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |...................                                                   |  26%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.....................                                                 |  29%
## label: contourplot (with options) 
## List of 5
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 6
##  $ fig.width : num 6.5
##  $ warning   : logi FALSE
##  $ message   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |.......................                                               |  32%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.........................                                             |  35%
## label: input_geneset_metrics1 (with options) 
## List of 2
##  $ results: chr "asis"
##  $ echo   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |...........................                                           |  38%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.............................                                         |  41%
## label: input_geneset_metrics2 (with options) 
## List of 5
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"

## 
  |                                                                            
  |...............................                                       |  44%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.................................                                     |  47%
## label: input_geneset_metrics3 (with options) 
## List of 5
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ message   : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7

## 
  |                                                                            
  |...................................                                   |  50%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.....................................                                 |  53%
## label: echart1d (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |.......................................                               |  56%
## label: echart2d (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |.........................................                             |  59%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |...........................................                           |  62%
## label: heatmap (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 10
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |.............................................                         |  65%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |...............................................                       |  68%
## label: effectsize (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |.................................................                     |  71%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |...................................................                   |  74%
## label: results_table (with options) 
## List of 2
##  $ results: chr "asis"
##  $ echo   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |......................................................                |  76%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |........................................................              |  79%
## label: results_table_complete (with options) 
## List of 2
##  $ results: chr "asis"
##  $ echo   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..........................................................            |  82%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |............................................................          |  85%
## label: detailed_geneset_reports1d (with options) 
## List of 7
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 6
##  $ fig.width : num 6
##  $ out.width : chr "80%"
##  $ comment   : logi NA
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..............................................................        |  88%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |................................................................      |  91%
## label: detailed_geneset_reports2d (with options) 
## List of 7
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 5
##  $ fig.width : num 6
##  $ out.width : chr "80%"
##  $ comment   : logi NA
##  $ message   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |..................................................................    |  94%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |....................................................................  |  97%
## label: session_info (with options) 
## List of 3
##  $ include: logi TRUE
##  $ echo   : logi TRUE
##  $ results: chr "markup"
## 
## 
  |                                                                            
  |......................................................................| 100%
##   ordinary text without R code

## output file: /mnt/bfx4/gavin_higgins/dge/mitch.knit.md

## /usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS /mnt/bfx4/gavin_higgins/dge/mitch.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash --output /tmp/RtmprFcRo7/mitch_report.html --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /usr/local/lib/R/site-library/rmarkdown/rmd/h/default.html --no-highlight --variable highlightjs=1 --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /tmp/RtmprFcRo7/rmarkdown-str27ab267e3bd9.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML'

## 
## Output created: /tmp/RtmprFcRo7/mitch_report.html

## [1] TRUE

Gene sets were obtained from Msigdb version 7.2.

goi <- gmt_import("genesetsofinterest.gmt")

# significance
res <- mitch_calc(m,goi,priority="significance")

## 
  |                                                                                                                     |   0%, ETA NA
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:15
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:08
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:06
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:05
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:04
  |===============                                                                                                   |  13%, ETA 00:03
  |=================                                                                                                 |  15%, ETA 00:03
  |===================                                                                                               |  17%, ETA 00:03
  |======================                                                                                            |  19%, ETA 00:02
  |========================                                                                                          |  21%, ETA 00:02
  |===========================                                                                                       |  23%, ETA 00:02
  |=============================                                                                                     |  26%, ETA 00:02
  |================================                                                                                  |  28%, ETA 00:02
  |==================================                                                                                |  30%, ETA 00:02
  |====================================                                                                              |  32%, ETA 00:02
  |=======================================                                                                           |  34%, ETA 00:02
  |=========================================                                                                         |  36%, ETA 00:02
  |============================================                                                                      |  38%, ETA 00:02
  |==============================================                                                                    |  40%, ETA 00:02
  |=================================================                                                                 |  43%, ETA 00:01
  |===================================================                                                               |  45%, ETA 00:01
  |=====================================================                                                             |  47%, ETA 00:01
  |========================================================                                                          |  49%, ETA 00:01
  |==========================================================                                                        |  51%, ETA 00:01
  |=============================================================                                                     |  53%, ETA 00:01
  |===============================================================                                                   |  55%, ETA 00:01
  |=================================================================                                                 |  57%, ETA 00:01
  |====================================================================                                              |  60%, ETA 00:01
  |======================================================================                                            |  62%, ETA 00:01
  |=========================================================================                                         |  64%, ETA 00:01
  |===========================================================================                                       |  66%, ETA 00:01
  |==============================================================================                                    |  68%, ETA 00:01
  |================================================================================                                  |  70%, ETA 00:01
  |==================================================================================                                |  72%, ETA 00:01
  |=====================================================================================                             |  74%, ETA 00:01
  |=======================================================================================                           |  77%, ETA 00:01
  |==========================================================================================                        |  79%, ETA 00:01
  |============================================================================================                      |  81%, ETA 00:00
  |===============================================================================================                   |  83%, ETA 00:00
  |=================================================================================================                 |  85%, ETA 00:00
  |===================================================================================================               |  87%, ETA 00:00
  |======================================================================================================            |  89%, ETA 00:00
  |========================================================================================================          |  91%, ETA 00:00
  |===========================================================================================================       |  94%, ETA 00:00
  |=============================================================================================================     |  96%, ETA 00:00
  |================================================================================================================  |  98%, ETA 00:00
  |==============================================================================================================| 100%, Elapsed 00:03

## Note: When prioritising by significance (ie: small 
##             p-values), large effect sizes might be missed.

head(res$enrichment_result,20)

##                                                                                                                    set
## 2                                                                                       BAELDE_DIABETIC_NEPHROPATHY_DN
## 21                                                                     GSE9006_TYPE_1_VS_TYPE_2_DIABETES_PBMC_AT_DX_DN
## 14                                                                    GSE9006_HEALTHY_VS_TYPE_1_DIABETES_PBMC_AT_DX_UP
## 10                                                           GSE9006_HEALTHY_VS_TYPE_1_DIABETES_PBMC_1MONTH_POST_DX_UP
## 35                                                      The citric acid (TCA) cycle and respiratory electron transport
## 33 Respiratory electron transport, ATP synthesis by chemiosmotic coupling, and heat production by uncoupling proteins.
## 12                                                           GSE9006_HEALTHY_VS_TYPE_1_DIABETES_PBMC_4MONTH_POST_DX_UP
## 15                                                                    GSE9006_HEALTHY_VS_TYPE_2_DIABETES_PBMC_AT_DX_DN
## 1                                                                                   Activation of NF-kappaB in B cells
## 34                                                                                      Respiratory electron transport
## 4                                                                                                      Gluconeogenesis
## 3                                                                                       BAELDE_DIABETIC_NEPHROPATHY_UP
## 22                                                                     GSE9006_TYPE_1_VS_TYPE_2_DIABETES_PBMC_AT_DX_UP
## 19                                                             GSE9006_TYPE_1_DIABETES_AT_DX_VS_4MONTH_POST_DX_PBMC_DN
## 5                                                        GSE40225_WT_VS_RIP_B7X_DIABETIC_MOUSE_PANCREATIC_CD8_TCELL_DN
## 28                                                                                         HP_TYPE_I_DIABETES_MELLITUS
## 18                                                             GSE9006_TYPE_1_DIABETES_AT_DX_VS_1MONTH_POST_DX_PBMC_UP
## 13                                                                    GSE9006_HEALTHY_VS_TYPE_1_DIABETES_PBMC_AT_DX_DN
## 8                                                             GSE9006_1MONTH_VS_4MONTH_POST_TYPE_1_DIABETES_DX_PBMC_UP
## 27                                                                                                      HP_NEPHROPATHY
##    setSize      pMANOVA   s.diabetes     s.mitoG   p.diabetes      p.mitoG
## 2      418 8.119769e-24 -0.047024183  0.29427818 1.004361e-01 7.246025e-25
## 21     179 4.045923e-19 -0.211897244  0.37526892 1.041492e-06 4.888167e-18
## 14     186 8.321052e-12 -0.048379441  0.30354855 2.559838e-01 9.828864e-13
## 10     192 1.160168e-11 -0.106414854  0.29386292 1.113972e-02 2.312237e-12
## 35     168 1.102292e-08  0.162380660  0.17756891 2.875434e-04 7.320626e-05
## 33     120 5.685798e-08  0.237835428  0.13691052 6.912884e-06 9.659758e-03
## 12     193 1.448632e-07 -0.007520704  0.23072731 8.572847e-01 3.395174e-08
## 15     170 4.302365e-07 -0.119193625  0.22995835 7.424252e-03 2.382980e-07
## 1       66 8.093781e-07 -0.318624617  0.26463816 7.639417e-06 2.020458e-04
## 34      99 2.089988e-06  0.221213161  0.14765575 1.442274e-04 1.119212e-02
## 4       30 4.134722e-06  0.482093346  0.10139912 4.870029e-06 3.365670e-01
## 3       78 7.253149e-04  0.205088648  0.09477307 1.750101e-03 1.481601e-01
## 22     195 1.031715e-03  0.032110735 -0.15427295 4.402671e-01 2.084560e-04
## 19     148 3.926411e-03  0.086514583  0.11168652 6.963505e-02 1.916867e-02
## 5      179 5.150210e-03 -0.084158165  0.12825740 5.250319e-02 3.124096e-03
## 28      38 1.161144e-02  0.116970875  0.22371880 2.122802e-01 1.704271e-02
## 18     187 1.499229e-02 -0.056275045  0.11892996 1.852257e-01 5.108059e-03
## 13     162 1.694398e-02  0.025129796  0.11953159 5.815804e-01 8.754018e-03
## 8      167 2.880804e-02 -0.002643665  0.11744587 9.530703e-01 8.928124e-03
## 27      90 4.604288e-02  0.088661592  0.10117580 1.463370e-01 9.739086e-02
##       s.dist         SD p.adjustMANOVA
## 2  0.2980116 0.24133722   3.004315e-22
## 21 0.4309608 0.41518918   7.484958e-18
## 14 0.3073797 0.24885067   1.026263e-10
## 10 0.3125373 0.28303912   1.073156e-10
## 35 0.2406204 0.01073971   8.156962e-08
## 33 0.2744270 0.07136469   3.506242e-07
## 12 0.2308499 0.16846679   7.657054e-07
## 15 0.2590134 0.24688773   1.989844e-06
## 1  0.4141920 0.41242907   3.327443e-06
## 34 0.2659652 0.05201294   7.732956e-06
## 4  0.4926416 0.26919147   1.390770e-05
## 3  0.2259276 0.07800490   2.236388e-03
## 22 0.1575793 0.13179317   2.936419e-03
## 19 0.1412751 0.01779925   1.037694e-02
## 5  0.1534033 0.15020049   1.270385e-02
## 28 0.2524525 0.07548218   2.685145e-02
## 18 0.1315721 0.12388864   3.263028e-02
## 13 0.1221446 0.06675215   3.482928e-02
## 8  0.1174756 0.08491612   5.609987e-02
## 27 0.1345267 0.00884888   8.517933e-02

mitch_plots(res,"mitch_goi_sig.pdf")

## X11cairo 
##        2

unlink("mitch_goi_sig.html")
mitch_report(res,"mitch_goi_sig.html")

## Dataset saved as " /tmp/RtmprFcRo7/mitch_goi_sig.RData ".

## 
## 
## processing file: mitch.Rmd

## 
  |                                                                            
  |                                                                      |   0%
  |                                                                            
  |..                                                                    |   3%
##    inline R code fragments
## 
## 
  |                                                                            
  |....                                                                  |   6%
## label: checklibraries (with options) 
## List of 1
##  $ echo: logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |......                                                                |   9%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |........                                                              |  12%
## label: peek (with options) 
## List of 1
##  $ echo: logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..........                                                            |  15%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |............                                                          |  18%
## label: metrics (with options) 
## List of 1
##  $ echo: logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..............                                                        |  21%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |................                                                      |  24%
## label: scatterplot (with options) 
## List of 5
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 6
##  $ fig.width : num 6.5
##  $ message   : logi FALSE
##  $ warning   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |...................                                                   |  26%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.....................                                                 |  29%
## label: contourplot (with options) 
## List of 5
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 6
##  $ fig.width : num 6.5
##  $ warning   : logi FALSE
##  $ message   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |.......................                                               |  32%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.........................                                             |  35%
## label: input_geneset_metrics1 (with options) 
## List of 2
##  $ results: chr "asis"
##  $ echo   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |...........................                                           |  38%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.............................                                         |  41%
## label: input_geneset_metrics2 (with options) 
## List of 5
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"

## 
  |                                                                            
  |...............................                                       |  44%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.................................                                     |  47%
## label: input_geneset_metrics3 (with options) 
## List of 5
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ message   : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7

## 
  |                                                                            
  |...................................                                   |  50%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.....................................                                 |  53%
## label: echart1d (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |.......................................                               |  56%
## label: echart2d (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |.........................................                             |  59%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |...........................................                           |  62%
## label: heatmap (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 10
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |.............................................                         |  65%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |...............................................                       |  68%
## label: effectsize (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |.................................................                     |  71%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |...................................................                   |  74%
## label: results_table (with options) 
## List of 2
##  $ results: chr "asis"
##  $ echo   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |......................................................                |  76%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |........................................................              |  79%
## label: results_table_complete (with options) 
## List of 2
##  $ results: chr "asis"
##  $ echo   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..........................................................            |  82%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |............................................................          |  85%
## label: detailed_geneset_reports1d (with options) 
## List of 7
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 6
##  $ fig.width : num 6
##  $ out.width : chr "80%"
##  $ comment   : logi NA
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..............................................................        |  88%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |................................................................      |  91%
## label: detailed_geneset_reports2d (with options) 
## List of 7
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 5
##  $ fig.width : num 6
##  $ out.width : chr "80%"
##  $ comment   : logi NA
##  $ message   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |..................................................................    |  94%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |....................................................................  |  97%
## label: session_info (with options) 
## List of 3
##  $ include: logi TRUE
##  $ echo   : logi TRUE
##  $ results: chr "markup"
## 
## 
  |                                                                            
  |......................................................................| 100%
##   ordinary text without R code

## output file: /mnt/bfx4/gavin_higgins/dge/mitch.knit.md

## /usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS /mnt/bfx4/gavin_higgins/dge/mitch.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash --output /tmp/RtmprFcRo7/mitch_report.html --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /usr/local/lib/R/site-library/rmarkdown/rmd/h/default.html --no-highlight --variable highlightjs=1 --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /tmp/RtmprFcRo7/rmarkdown-str27ab678f7b29.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML'

## 
## Output created: /tmp/RtmprFcRo7/mitch_report.html

## [1] TRUE

# effect size
res <- mitch_calc(m,goi,priority="effect")

## 
  |                                                                                                                     |   0%, ETA NA
  |==                                                                                                                |   2%, ETA 00:14
  |=====                                                                                                             |   4%, ETA 00:07
  |=======                                                                                                           |   6%, ETA 00:06
  |==========                                                                                                        |   9%, ETA 00:04
  |============                                                                                                      |  11%, ETA 00:04
  |===============                                                                                                   |  13%, ETA 00:03
  |=================                                                                                                 |  15%, ETA 00:03
  |===================                                                                                               |  17%, ETA 00:03
  |======================                                                                                            |  19%, ETA 00:02
  |========================                                                                                          |  21%, ETA 00:02
  |===========================                                                                                       |  23%, ETA 00:02
  |=============================                                                                                     |  26%, ETA 00:02
  |================================                                                                                  |  28%, ETA 00:02
  |==================================                                                                                |  30%, ETA 00:02
  |====================================                                                                              |  32%, ETA 00:02
  |=======================================                                                                           |  34%, ETA 00:02
  |=========================================                                                                         |  36%, ETA 00:02
  |============================================                                                                      |  38%, ETA 00:01
  |==============================================                                                                    |  40%, ETA 00:01
  |=================================================                                                                 |  43%, ETA 00:01
  |===================================================                                                               |  45%, ETA 00:01
  |=====================================================                                                             |  47%, ETA 00:01
  |========================================================                                                          |  49%, ETA 00:01
  |==========================================================                                                        |  51%, ETA 00:01
  |=============================================================                                                     |  53%, ETA 00:01
  |===============================================================                                                   |  55%, ETA 00:01
  |=================================================================                                                 |  57%, ETA 00:01
  |====================================================================                                              |  60%, ETA 00:01
  |======================================================================                                            |  62%, ETA 00:01
  |=========================================================================                                         |  64%, ETA 00:01
  |===========================================================================                                       |  66%, ETA 00:01
  |==============================================================================                                    |  68%, ETA 00:01
  |================================================================================                                  |  70%, ETA 00:01
  |==================================================================================                                |  72%, ETA 00:01
  |=====================================================================================                             |  74%, ETA 00:01
  |=======================================================================================                           |  77%, ETA 00:00
  |==========================================================================================                        |  79%, ETA 00:00
  |============================================================================================                      |  81%, ETA 00:00
  |===============================================================================================                   |  83%, ETA 00:00
  |=================================================================================================                 |  85%, ETA 00:00
  |===================================================================================================               |  87%, ETA 00:00
  |======================================================================================================            |  89%, ETA 00:00
  |========================================================================================================          |  91%, ETA 00:00
  |===========================================================================================================       |  94%, ETA 00:00
  |=============================================================================================================     |  96%, ETA 00:00
  |================================================================================================================  |  98%, ETA 00:00
  |==============================================================================================================| 100%, Elapsed 00:02

## Note: Enrichments with large effect sizes may not be 
##             statistically significant.

head(res$enrichment_result,20)

##                                                                                                                    set
## 4                                                                                                      Gluconeogenesis
## 21                                                                     GSE9006_TYPE_1_VS_TYPE_2_DIABETES_PBMC_AT_DX_DN
## 1                                                                                   Activation of NF-kappaB in B cells
## 10                                                           GSE9006_HEALTHY_VS_TYPE_1_DIABETES_PBMC_1MONTH_POST_DX_UP
## 14                                                                    GSE9006_HEALTHY_VS_TYPE_1_DIABETES_PBMC_AT_DX_UP
## 2                                                                                       BAELDE_DIABETIC_NEPHROPATHY_DN
## 25                                                                                                HP_MATERNAL_DIABETES
## 33 Respiratory electron transport, ATP synthesis by chemiosmotic coupling, and heat production by uncoupling proteins.
## 34                                                                                      Respiratory electron transport
## 15                                                                    GSE9006_HEALTHY_VS_TYPE_2_DIABETES_PBMC_AT_DX_DN
## 31                                                                                       KEGG_TYPE_I_DIABETES_MELLITUS
## 28                                                                                         HP_TYPE_I_DIABETES_MELLITUS
## 35                                                      The citric acid (TCA) cycle and respiratory electron transport
## 26                                                                     HP_NEONATAL_INSULIN_DEPENDENT_DIABETES_MELLITUS
## 12                                                           GSE9006_HEALTHY_VS_TYPE_1_DIABETES_PBMC_4MONTH_POST_DX_UP
## 3                                                                                       BAELDE_DIABETIC_NEPHROPATHY_UP
## 30                                                                           KEGG_MATURITY_ONSET_DIABETES_OF_THE_YOUNG
## 22                                                                     GSE9006_TYPE_1_VS_TYPE_2_DIABETES_PBMC_AT_DX_UP
## 5                                                        GSE40225_WT_VS_RIP_B7X_DIABETIC_MOUSE_PANCREATIC_CD8_TCELL_DN
## 19                                                             GSE9006_TYPE_1_DIABETES_AT_DX_VS_4MONTH_POST_DX_PBMC_DN
##    setSize      pMANOVA   s.diabetes     s.mitoG   p.diabetes      p.mitoG
## 4       30 4.134722e-06  0.482093346  0.10139912 4.870029e-06 3.365670e-01
## 21     179 4.045923e-19 -0.211897244  0.37526892 1.041492e-06 4.888167e-18
## 1       66 8.093781e-07 -0.318624617  0.26463816 7.639417e-06 2.020458e-04
## 10     192 1.160168e-11 -0.106414854  0.29386292 1.113972e-02 2.312237e-12
## 14     186 8.321052e-12 -0.048379441  0.30354855 2.559838e-01 9.828864e-13
## 2      418 8.119769e-24 -0.047024183  0.29427818 1.004361e-01 7.246025e-25
## 25      21 5.427039e-02 -0.031598626 -0.28911477 8.021094e-01 2.183389e-02
## 33     120 5.685798e-08  0.237835428  0.13691052 6.912884e-06 9.659758e-03
## 34      99 2.089988e-06  0.221213161  0.14765575 1.442274e-04 1.119212e-02
## 15     170 4.302365e-07 -0.119193625  0.22995835 7.424252e-03 2.382980e-07
## 31      25 6.900027e-02 -0.254867393 -0.02447149 2.742280e-02 8.323075e-01
## 28      38 1.161144e-02  0.116970875  0.22371880 2.122802e-01 1.704271e-02
## 35     168 1.102292e-08  0.162380660  0.17756891 2.875434e-04 7.320626e-05
## 26      10 3.379308e-01  0.165836800  0.17186560 3.638917e-01 3.467132e-01
## 12     193 1.448632e-07 -0.007520704  0.23072731 8.572847e-01 3.395174e-08
## 3       78 7.253149e-04  0.205088648  0.09477307 1.750101e-03 1.481601e-01
## 30      13 4.354646e-01  0.088721034 -0.20112662 5.797221e-01 2.093175e-01
## 22     195 1.031715e-03  0.032110735 -0.15427295 4.402671e-01 2.084560e-04
## 5      179 5.150210e-03 -0.084158165  0.12825740 5.250319e-02 3.124096e-03
## 19     148 3.926411e-03  0.086514583  0.11168652 6.963505e-02 1.916867e-02
##       s.dist          SD p.adjustMANOVA
## 4  0.4926416 0.269191466   1.390770e-05
## 21 0.4309608 0.415189176   7.484958e-18
## 1  0.4141920 0.412429065   3.327443e-06
## 10 0.3125373 0.283039125   1.073156e-10
## 14 0.3073797 0.248850667   1.026263e-10
## 2  0.2980116 0.241337217   3.004315e-22
## 25 0.2908364 0.182091415   9.127292e-02
## 33 0.2744270 0.071364689   3.506242e-07
## 34 0.2659652 0.052012941   7.732956e-06
## 15 0.2590134 0.246887729   1.989844e-06
## 31 0.2560395 0.162914503   1.087356e-01
## 28 0.2524525 0.075482181   2.685145e-02
## 35 0.2406204 0.010739715   8.156962e-08
## 26 0.2388297 0.004263005   4.465514e-01
## 12 0.2308499 0.168466790   7.657054e-07
## 3  0.2259276 0.078004895   2.236388e-03
## 30 0.2198257 0.204953239   5.370730e-01
## 22 0.1575793 0.131793168   2.936419e-03
## 5  0.1534033 0.150200486   1.270385e-02
## 19 0.1412751 0.017799250   1.037694e-02

mitch_plots(res,"mitch_goi_eff.pdf")

## X11cairo 
##        2

unlink("mitch_goi_eff.html")
mitch_report(res,"mitch_goi_eff.html")

## Dataset saved as " /tmp/RtmprFcRo7/mitch_goi_eff.RData ".
## 
## 
## processing file: mitch.Rmd

## 
  |                                                                            
  |                                                                      |   0%
  |                                                                            
  |..                                                                    |   3%
##    inline R code fragments
## 
## 
  |                                                                            
  |....                                                                  |   6%
## label: checklibraries (with options) 
## List of 1
##  $ echo: logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |......                                                                |   9%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |........                                                              |  12%
## label: peek (with options) 
## List of 1
##  $ echo: logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..........                                                            |  15%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |............                                                          |  18%
## label: metrics (with options) 
## List of 1
##  $ echo: logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..............                                                        |  21%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |................                                                      |  24%
## label: scatterplot (with options) 
## List of 5
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 6
##  $ fig.width : num 6.5
##  $ message   : logi FALSE
##  $ warning   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |...................                                                   |  26%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.....................                                                 |  29%
## label: contourplot (with options) 
## List of 5
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 6
##  $ fig.width : num 6.5
##  $ warning   : logi FALSE
##  $ message   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |.......................                                               |  32%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.........................                                             |  35%
## label: input_geneset_metrics1 (with options) 
## List of 2
##  $ results: chr "asis"
##  $ echo   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |...........................                                           |  38%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.............................                                         |  41%
## label: input_geneset_metrics2 (with options) 
## List of 5
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"

## 
  |                                                                            
  |...............................                                       |  44%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.................................                                     |  47%
## label: input_geneset_metrics3 (with options) 
## List of 5
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ message   : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7

## 
  |                                                                            
  |...................................                                   |  50%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |.....................................                                 |  53%
## label: echart1d (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |.......................................                               |  56%
## label: echart2d (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |.........................................                             |  59%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |...........................................                           |  62%
## label: heatmap (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 10
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |.............................................                         |  65%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |...............................................                       |  68%
## label: effectsize (with options) 
## List of 6
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 7
##  $ fig.width : num 7
##  $ fig.show  : chr "all"
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |.................................................                     |  71%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |...................................................                   |  74%
## label: results_table (with options) 
## List of 2
##  $ results: chr "asis"
##  $ echo   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |......................................................                |  76%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |........................................................              |  79%
## label: results_table_complete (with options) 
## List of 2
##  $ results: chr "asis"
##  $ echo   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..........................................................            |  82%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |............................................................          |  85%
## label: detailed_geneset_reports1d (with options) 
## List of 7
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 6
##  $ fig.width : num 6
##  $ out.width : chr "80%"
##  $ comment   : logi NA
##  $ message   : logi FALSE
## 
## 
  |                                                                            
  |..............................................................        |  88%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |................................................................      |  91%
## label: detailed_geneset_reports2d (with options) 
## List of 7
##  $ results   : chr "asis"
##  $ echo      : logi FALSE
##  $ fig.height: num 5
##  $ fig.width : num 6
##  $ out.width : chr "80%"
##  $ comment   : logi NA
##  $ message   : logi FALSE

## 
  |                                                                            
  |..................................................................    |  94%
##   ordinary text without R code
## 
## 
  |                                                                            
  |....................................................................  |  97%
## label: session_info (with options) 
## List of 3
##  $ include: logi TRUE
##  $ echo   : logi TRUE
##  $ results: chr "markup"
## 
## 
  |                                                                            
  |......................................................................| 100%
##   ordinary text without R code

## output file: /mnt/bfx4/gavin_higgins/dge/mitch.knit.md

## /usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS /mnt/bfx4/gavin_higgins/dge/mitch.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash --output /tmp/RtmprFcRo7/mitch_report.html --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /usr/local/lib/R/site-library/rmarkdown/rmd/h/default.html --no-highlight --variable highlightjs=1 --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /tmp/RtmprFcRo7/rmarkdown-str27ab4291b713.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML'

## 
## Output created: /tmp/RtmprFcRo7/mitch_report.html

## [1] TRUE

Session information

sessionInfo()

## R version 4.0.2 (2020-06-22)
## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Ubuntu 18.04.5 LTS
## 
## Matrix products: default
## BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1
## 
## locale:
##  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
##  [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
##  [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
##  [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
##  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
## [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
## 
## attached base packages:
## [1] parallel  stats4    stats     graphics  grDevices utils     datasets 
## [8] methods   base     
## 
## other attached packages:
##  [1] pkgload_1.1.0               GGally_2.0.0               
##  [3] beeswarm_0.2.3              gtools_3.8.2               
##  [5] echarts4r_0.3.2             biomaRt_2.44.1             
##  [7] R.utils_2.10.1              R.oo_1.24.0                
##  [9] R.methodsS3_1.8.1           mitch_1.0.8                
## [11] eulerr_6.1.0                gplots_3.1.0               
## [13] DESeq2_1.28.1               SummarizedExperiment_1.18.2
## [15] DelayedArray_0.14.1         matrixStats_0.57.0         
## [17] Biobase_2.48.0              GenomicRanges_1.40.0       
## [19] GenomeInfoDb_1.24.2         IRanges_2.22.2             
## [21] S4Vectors_0.26.1            BiocGenerics_0.34.0        
## [23] reshape2_1.4.4              forcats_0.5.0              
## [25] stringr_1.4.0               dplyr_1.0.2                
## [27] purrr_0.3.4                 readr_1.4.0                
## [29] tidyr_1.1.2                 tibble_3.0.3               
## [31] ggplot2_3.3.2               tidyverse_1.3.0            
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##   [1] colorspace_1.4-1       ellipsis_0.3.1         rprojroot_1.3-2       
##   [4] XVector_0.28.0         fs_1.5.0               rstudioapi_0.11       
##   [7] farver_2.0.3           bit64_4.0.5            AnnotationDbi_1.50.3  
##  [10] fansi_0.4.1            lubridate_1.7.9        xml2_1.3.2            
##  [13] splines_4.0.2          geneplotter_1.66.0     knitr_1.30            
##  [16] polyclip_1.10-0        jsonlite_1.7.1         broom_0.7.1           
##  [19] annotate_1.66.0        dbplyr_1.4.4           shiny_1.5.0           
##  [22] compiler_4.0.2         httr_1.4.2             backports_1.1.10      
##  [25] assertthat_0.2.1       Matrix_1.2-18          fastmap_1.0.1         
##  [28] cli_2.0.2              later_1.1.0.1          prettyunits_1.1.1     
##  [31] htmltools_0.5.0        tools_4.0.2            gtable_0.3.0          
##  [34] glue_1.4.2             GenomeInfoDbData_1.2.3 rappdirs_0.3.1        
##  [37] Rcpp_1.0.5             cellranger_1.1.0       vctrs_0.3.4           
##  [40] polylabelr_0.2.0       xfun_0.18              testthat_2.3.2        
##  [43] rvest_0.3.6            mime_0.9               lifecycle_0.2.0       
##  [46] XML_3.99-0.5           zlibbioc_1.34.0        MASS_7.3-53           
##  [49] scales_1.1.1           hms_0.5.3              promises_1.1.1        
##  [52] RColorBrewer_1.1-2     curl_4.3               yaml_2.2.1            
##  [55] memoise_1.1.0          gridExtra_2.3          reshape_0.8.8         
##  [58] stringi_1.5.3          RSQLite_2.2.1          highr_0.8             
##  [61] genefilter_1.70.0      desc_1.2.0             caTools_1.18.0        
##  [64] BiocParallel_1.22.0    rlang_0.4.7            pkgconfig_2.0.3       
##  [67] bitops_1.0-6           evaluate_0.14          lattice_0.20-41       
##  [70] labeling_0.3           htmlwidgets_1.5.2      bit_4.0.4             
##  [73] tidyselect_1.1.0       plyr_1.8.6             magrittr_1.5          
##  [76] R6_2.4.1               generics_0.0.2         DBI_1.1.0             
##  [79] pillar_1.4.6           haven_2.3.1            withr_2.3.0           
##  [82] survival_3.2-7         RCurl_1.98-1.2         modelr_0.1.8          
##  [85] crayon_1.3.4           KernSmooth_2.23-17     BiocFileCache_1.12.1  
##  [88] rmarkdown_2.4          progress_1.2.2         locfit_1.5-9.4        
##  [91] grid_4.0.2             readxl_1.3.1           blob_1.2.1            
##  [94] reprex_0.3.0           digest_0.6.25          pbmcapply_1.5.0       
##  [97] xtable_1.8-4           httpuv_1.5.4           openssl_1.4.3         
## [100] munsell_0.5.0          askpass_1.1